From 4b177d1830267d9882473b87c413c3faed1a9ab0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Micha=C5=82=20Kasprowicz?= Date: Sat, 13 Sep 2025 01:25:39 +0000 Subject: [PATCH] Upload files to "wyniki/eksperyment_glowny/2" --- .../2/z_15percent_added-2.txt | 114 ++++++++++++++++++ .../2/z_15percent_added.txt | 10 ++ .../2/z_15percent_substituted.txt | 114 ++++++++++++++++++ 3 files changed, 238 insertions(+) create mode 100644 wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added-2.txt create mode 100644 wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added.txt create mode 100644 wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_substituted.txt diff --git a/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added-2.txt b/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added-2.txt new file mode 100644 index 0000000..1a6bdbd --- /dev/null +++ b/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added-2.txt @@ -0,0 +1,114 @@ + +======= PRZYGOTOWANIE DANYCH ======= +Wymiary oryginalnych danych: (1716, 27) +Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS' + 'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma'] +Rozkład klas: {'Glioblastoma': 698, 'Mixed glioma': 256, 'Astrocytoma, anaplastic': 253, 'Oligodendroglioma, NOS': 220, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 165, 'Astrocytoma, NOS': 124} +Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (1716, 24) +Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne... +Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA'] +Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female'] +Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS' + 'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma'] +Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii). +Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported' + 'american indian or alaska native'] +Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii). +Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED'] +Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED'] +Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED'] +Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Wymiary danych po przekształceniu: (1716, 31) +UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27. +Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding. +Wypełnianie brakujących wartości... +Wymiary danych wejściowych: (1716, 31) +Wymiary danych po skalowaniu: (1716, 31) + +======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI ======= +Liczba komponentów PCA: 12 +Wymiary danych po redukcji PCA: (1716, 12) +Wyjaśniona wariancja: 0.5618 +Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych. +Wymiary zbioru treningowego: (1201, 12) +Wymiary zbioru testowego: (515, 12) + +Czas przygotowania danych: 0.04 sekund + +======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA ======= +IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora +✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer +✓ Backend: + +======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY ======= + +======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS ======= +Testowanie Z1 z C=0.1... +Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s +Testowanie Z1 z C=1.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.6078 (czas: 24776.42 s) +Testowanie Z1 z C=10.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.6261 (czas: 24687.07 s) +Testowanie Z2 z C=0.1... +Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4521 (czas: 32902.60 s) +Testowanie Z2 z C=1.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.6552 (czas: 33563.46 s) +Testowanie Z2 z C=10.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.6694 (czas: 33010.31 s) + +Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.6694 +Ewaluacja najlepszego modelu z Z2... +Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2): + precision recall f1-score support + + Astrocytoma, NOS 0.92 0.26 0.40 43 + Astrocytoma, anaplastic 0.75 0.53 0.62 78 + Glioblastoma 0.57 0.97 0.72 200 + Mixed glioma 0.79 0.54 0.64 78 + Oligodendroglioma, NOS 0.77 0.43 0.55 63 +Oligodendroglioma, anaplastic 0.89 0.30 0.45 53 + + accuracy 0.64 515 + macro avg 0.78 0.50 0.56 515 + weighted avg 0.72 0.64 0.62 515 + + +Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2: +Accuracy: 0.6427 +Precision: 0.7156 +Recall: 0.6427 +F1 Score: 0.6157 +ROC AUC: N/A + +Macierz pomyłek: +[[ 11 0 30 0 2 0] + [ 0 41 33 3 0 1] + [ 0 3 194 1 2 0] + [ 0 7 28 42 0 1] + [ 1 0 34 1 27 0] + [ 0 4 23 6 4 16]] + +Całkowity czas dla kwantowego SVM: 158727.80 sekund + +======= PORÓWNANIE WYNIKÓW ======= +Kwantowy SVM: 0.6427 + +======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 ======= +Data i czas zakończenia: 2025-09-08 03:27:06 +Całkowity czas eksperymentu: 1757294826.28 sekund diff --git a/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added.txt b/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added.txt new file mode 100644 index 0000000..766017f --- /dev/null +++ b/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_added.txt @@ -0,0 +1,10 @@ +======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS ======= +Testowanie Z1 z C=0.1... +Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s +Testowanie Z1 z C=1.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.6078 (czas: 24776.42 s) +Testowanie Z1 z C=10.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.6261 (czas: 24687.07 s) +Testowanie Z2 z C=0.1... +Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4521 (czas: 32902.60 s) +Testowanie Z2 z C=1.0... diff --git a/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_substituted.txt b/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_substituted.txt new file mode 100644 index 0000000..5571c6e --- /dev/null +++ b/wyniki/eksperyment_glowny/2/z_15percent_substituted.txt @@ -0,0 +1,114 @@ + +======= PRZYGOTOWANIE DANYCH ======= +Wymiary oryginalnych danych: (858, 27) +Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS' + 'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma'] +Rozkład klas: {'Glioblastoma': 311, 'Astrocytoma, anaplastic': 143, 'Mixed glioma': 133, 'Oligodendroglioma, NOS': 118, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 84, 'Astrocytoma, NOS': 69} +Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (858, 24) +Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne... +Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA'] +Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female'] +Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS' + 'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma'] +Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii). +Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported' + 'american indian or alaska native'] +Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii). +Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED'] +Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PTEN zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED'] +Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED'] +Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED'] +Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED'] +Wymiary danych po przekształceniu: (858, 31) +UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27. +Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding. +Wypełnianie brakujących wartości... +Wymiary danych wejściowych: (858, 31) +Wymiary danych po skalowaniu: (858, 31) + +======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI ======= +Liczba komponentów PCA: 12 +Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 12) +Wyjaśniona wariancja: 0.5355 +Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych. +Wymiary zbioru treningowego: (600, 12) +Wymiary zbioru testowego: (258, 12) + +Czas przygotowania danych: 0.03 sekund + +======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA ======= +IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora +✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer +✓ Backend: + +======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY ======= + +======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS ======= +Testowanie Z1 z C=0.1... +Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s +Testowanie Z1 z C=1.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.3750 (czas: 6119.20 s) +Testowanie Z1 z C=10.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.3817 (czas: 6122.11 s) +Testowanie Z2 z C=0.1... +Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.3650 (czas: 8197.57 s) +Testowanie Z2 z C=1.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.3950 (czas: 8170.61 s) +Testowanie Z2 z C=10.0... +Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.4200 (czas: 8177.14 s) + +Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.4200 +Ewaluacja najlepszego modelu z Z2... +Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2): + precision recall f1-score support + + Astrocytoma, NOS 0.50 0.04 0.07 25 + Astrocytoma, anaplastic 0.64 0.29 0.40 48 + Glioblastoma 0.42 0.92 0.57 92 + Mixed glioma 0.53 0.25 0.34 36 + Oligodendroglioma, NOS 0.00 0.00 0.00 32 +Oligodendroglioma, anaplastic 0.50 0.08 0.14 25 + + accuracy 0.43 258 + macro avg 0.43 0.26 0.25 258 + weighted avg 0.44 0.43 0.35 258 + + +Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2: +Accuracy: 0.4302 +Precision: 0.4377 +Recall: 0.4302 +F1 Score: 0.3471 +ROC AUC: N/A + +Macierz pomyłek: +[[ 1 2 18 3 0 1] + [ 0 14 33 0 1 0] + [ 0 2 85 0 4 1] + [ 0 2 22 9 3 0] + [ 1 2 24 5 0 0] + [ 0 0 22 0 1 2]] + +Całkowity czas dla kwantowego SVM: 41936.83 sekund + +======= PORÓWNANIE WYNIKÓW ======= +Kwantowy SVM: 0.4302 + +======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 ======= +Data i czas zakończenia: 2025-09-11 22:29:31 +Całkowity czas eksperymentu: 1757622571.61 sekund