administrator
/
Genomic_data_QSVM
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Packages Projects Releases Wiki Activity

Upload files to "wyniki/eksperyment_glowny/2"

This commit is contained in:
Michał Kasprowicz 2025-09-13 01:25:09 +00:00
parent 995a2e3b97
commit 5527e21a19
4 changed files with 392 additions and 0 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

110
wyniki/eksperyment_glowny/2/pauli_clean.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,110 @@
======= KWANTOWY SVM Z PAULI1 i PAULI2 FEATURE MAPS =======
Testowanie Pauli1 z C=0.1...
Fold 1/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 2/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 3/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 4/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 5/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 6/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 7/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 8/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 9/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 10/10: train (540, 14), val (60, 14)
Dokładność kwantowego SVM z Pauli1, C=0.1: 0.4183 (czas: 82554.30 s)
Testowanie Pauli1 z C=1.0...
Fold 1/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 2/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 3/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 4/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 5/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 6/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 7/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 8/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 9/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 10/10: train (540, 14), val (60, 14)
Dokładność kwantowego SVM z Pauli1, C=1.0: 0.5567 (czas: 82055.28 s)
Testowanie Pauli1 z C=10.0...
Fold 1/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 2/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 3/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 4/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 5/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 6/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 7/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 8/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 9/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 10/10: train (540, 14), val (60, 14)
Dokładność kwantowego SVM z Pauli1, C=10.0: 0.5867 (czas: 82233.70 s)
Testowanie Pauli2 z C=0.1...
Fold 1/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 2/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 3/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 4/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 5/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 6/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 7/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 8/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 9/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 10/10: train (540, 14), val (60, 14)
Dokładność kwantowego SVM z Pauli2, C=0.1: 0.4183 (czas: 154112.35 s)
Testowanie Pauli2 z C=1.0...
Fold 1/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 2/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 3/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 4/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 5/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 6/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 7/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 8/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 9/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 10/10: train (540, 14), val (60, 14)
Dokładność kwantowego SVM z Pauli2, C=1.0: 0.5100 (czas: 154272.55 s)
Testowanie Pauli2 z C=10.0...
Fold 1/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 2/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 3/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 4/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 5/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 6/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 7/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 8/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 9/10: train (540, 14), val (60, 14)
Fold 10/10: train (540, 14), val (60, 14)
Dokładność kwantowego SVM z Pauli2, C=10.0: 0.5300 (czas: 153976.15 s)
Najlepszy kwantowy SVM: Pauli1 z C=10.0, dokładność: 0.5867
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 1.00 0.32 0.48 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 0.26 0.42 42
Glioblastoma 0.50 1.00 0.66 109
Mixed glioma 1.00 0.34 0.51 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.18 0.31 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 0.12 0.21 17
accuracy 0.57 258
macro avg 0.92 0.37 0.43 258
weighted avg 0.79 0.57 0.51 258
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM Pauli1:
Accuracy: 0.5698
Precision: 0.7868
Recall: 0.5698
F1 Score: 0.5112
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 6 0 13 0 0 0]
[ 0 11 31 0 0 0]
[ 0 0 109 0 0 0]
[ 0 0 25 13 0 0]
[ 0 0 27 0 6 0]
[ 0 0 15 0 0 2]]
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 724722.86 sekund
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU PAULI =======
Data i czas zakończenia: 2025-09-05 20:01:14
Całkowity czas eksperymentu: 1757102474.65 sekund

114
wyniki/eksperyment_glowny/2/z_1percent_added-2.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,114 @@
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
Wymiary oryginalnych danych: (1716, 27)
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 719, 'Mixed glioma': 258, 'Astrocytoma, anaplastic': 258, 'Oligodendroglioma, NOS': 215, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 151, 'Astrocytoma, NOS': 115}
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (1716, 24)
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
'american indian or alaska native']
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Wymiary danych po przekształceniu: (1716, 31)
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
Wypełnianie brakujących wartości...
Wymiary danych wejściowych: (1716, 31)
Wymiary danych po skalowaniu: (1716, 31)
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
Liczba komponentów PCA: 12
Wymiary danych po redukcji PCA: (1716, 12)
Wyjaśniona wariancja: 0.6009
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
Wymiary zbioru treningowego: (1201, 12)
Wymiary zbioru testowego: (515, 12)
Czas przygotowania danych: 0.03 sekund
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
Testowanie Z1 z C=0.1...
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
Testowanie Z1 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.8651 (czas: 24351.79 s)
Testowanie Z1 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.8810 (czas: 24386.62 s)
Testowanie Z2 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.5845 (czas: 32784.20 s)
Testowanie Z2 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.8693 (czas: 32639.60 s)
Testowanie Z2 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.8818 (czas: 32616.37 s)
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.8818
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 1.00 0.62 0.76 39
Astrocytoma, anaplastic 0.95 0.72 0.82 79
Glioblastoma 0.77 0.99 0.87 215
Mixed glioma 1.00 0.88 0.94 77
Oligodendroglioma, NOS 0.94 0.79 0.86 62
Oligodendroglioma, anaplastic 0.94 0.74 0.83 43
accuracy 0.86 515
macro avg 0.93 0.79 0.85 515
weighted avg 0.88 0.86 0.86 515
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
Accuracy: 0.8602
Precision: 0.8840
Recall: 0.8602
F1 Score: 0.8581
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 24 0 15 0 0 0]
[ 0 57 21 0 1 0]
[ 0 1 213 0 0 1]
[ 0 2 5 68 1 1]
[ 0 0 13 0 49 0]
[ 0 0 10 0 1 32]]
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 156498.08 sekund
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
Kwantowy SVM: 0.8602
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
Data i czas zakończenia: 2025-09-02 16:15:24
Całkowity czas eksperymentu: 1756822524.22 sekund

54
wyniki/eksperyment_glowny/2/z_1percent_added.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,54 @@
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
Testowanie Z1 z C=0.1...
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
Testowanie Z1 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.8651 (czas: 24351.79 s)
Testowanie Z1 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.8810 (czas: 24386.62 s)
Testowanie Z2 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.5845 (czas: 32784.20 s)
Testowanie Z2 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.8693 (czas: 32639.60 s)
Testowanie Z2 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.8818 (czas: 32616.37 s)
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.8818
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 1.00 0.62 0.76 39
Astrocytoma, anaplastic 0.95 0.72 0.82 79
Glioblastoma 0.77 0.99 0.87 215
Mixed glioma 1.00 0.88 0.94 77
Oligodendroglioma, NOS 0.94 0.79 0.86 62
Oligodendroglioma, anaplastic 0.94 0.74 0.83 43
accuracy 0.86 515
macro avg 0.93 0.79 0.85 515
weighted avg 0.88 0.86 0.86 515
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
Accuracy: 0.8602
Precision: 0.8840
Recall: 0.8602
F1 Score: 0.8581
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 24 0 15 0 0 0]
[ 0 57 21 0 1 0]
[ 0 1 213 0 0 1]
[ 0 2 5 68 1 1]
[ 0 0 13 0 49 0]
[ 0 0 10 0 1 32]]
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 156498.08 sekund
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
Kwantowy SVM: 0.8602
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
Data i czas zakończenia: 2025-09-02 16:15:24
Całkowity czas eksperymentu: 1756822524.22 sekund

114
wyniki/eksperyment_glowny/2/z_1percent_substituted.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,114 @@
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
Wymiary oryginalnych danych: (858, 27)
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 355, 'Astrocytoma, anaplastic': 133, 'Mixed glioma': 127, 'Oligodendroglioma, NOS': 109, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 76, 'Astrocytoma, NOS': 58}
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (858, 24)
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
'american indian or alaska native']
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Wymiary danych po przekształceniu: (858, 31)
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
Wypełnianie brakujących wartości...
Wymiary danych wejściowych: (858, 31)
Wymiary danych po skalowaniu: (858, 31)
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
Liczba komponentów PCA: 12
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 12)
Wyjaśniona wariancja: 0.5954
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
Wymiary zbioru treningowego: (600, 12)
Wymiary zbioru testowego: (258, 12)
Czas przygotowania danych: 0.02 sekund
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
Testowanie Z1 z C=0.1...
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
Testowanie Z1 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.6717 (czas: 6073.25 s)
Testowanie Z1 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.6833 (czas: 6074.46 s)
Testowanie Z2 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4450 (czas: 8151.13 s)
Testowanie Z2 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.6767 (czas: 8151.26 s)
Testowanie Z2 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.6900 (czas: 8147.88 s)
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.6900
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 1.00 0.50 0.67 18
Astrocytoma, anaplastic 0.96 0.51 0.67 45
Glioblastoma 0.63 0.98 0.77 106
Mixed glioma 0.87 0.71 0.78 38
Oligodendroglioma, NOS 0.91 0.61 0.73 33
Oligodendroglioma, anaplastic 0.88 0.39 0.54 18
accuracy 0.74 258
macro avg 0.87 0.62 0.69 258
weighted avg 0.80 0.74 0.73 258
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
Accuracy: 0.7364
Precision: 0.8031
Recall: 0.7364
F1 Score: 0.7252
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 9 1 7 0 0 1]
[ 0 23 22 0 0 0]
[ 0 0 104 2 0 0]
[ 0 0 11 27 0 0]
[ 0 0 12 1 20 0]
[ 0 0 8 1 2 7]]
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 41734.28 sekund
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
Kwantowy SVM: 0.7364
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
Data i czas zakończenia: 2025-09-10 11:21:10
Całkowity czas eksperymentu: 1757496070.47 sekund