administrator
/
Genomic_data_QSVM
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Packages Projects Releases Wiki Activity

Upload files to "wyniki/eksperyment_glowny/1"

This commit is contained in:
Michał Kasprowicz 2025-08-30 11:56:18 +00:00
parent f05ef157bc
commit 6012e79c34
3 changed files with 384 additions and 0 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

106
wyniki/eksperyment_glowny/1/amplitude_all.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,106 @@
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) =======
Najlepsze parametry klasycznego SVM: {'C': 0.1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM: 1.0
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 1.00 1.00 1.00 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 42
Glioblastoma 1.00 1.00 1.00 109
Mixed glioma 1.00 1.00 1.00 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 1.00 1.00 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 1.00 258
macro avg 1.00 1.00 1.00 258
weighted avg 1.00 1.00 1.00 258
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM:
Accuracy: 1.0000
Precision: 1.0000
Recall: 1.0000
F1 Score: 1.0000
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 19 0 0 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 0 0 109 0 0 0]
[ 0 0 0 38 0 0]
[ 0 0 0 0 33 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM: 17.72 sekund
======= KWANTOWY SVM Z AMPLITUDE ENCODING =======
Testowanie Amplitude_l2 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l2, C=0.1: 0.7650 (czas: 3.04 s)
Testowanie Amplitude_l2 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l2, C=1.0: 0.9117 (czas: 3.06 s)
Testowanie Amplitude_l2 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l2, C=10.0: 0.9333 (czas: 3.00 s)
Testowanie Amplitude_l1 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l1, C=0.1: 0.4183 (czas: 2.96 s)
Testowanie Amplitude_l1 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l1, C=1.0: 0.4183 (czas: 2.98 s)
Testowanie Amplitude_l1 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l1, C=10.0: 0.8000 (czas: 2.94 s)
Testowanie Amplitude_min-max z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_min-max, C=0.1: 0.9583 (czas: 2.92 s)
Testowanie Amplitude_min-max z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_min-max, C=1.0: 0.9767 (czas: 2.96 s)
Testowanie Amplitude_min-max z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_min-max, C=10.0: 0.9767 (czas: 2.89 s)
Najlepszy kwantowy SVM: Amplitude_min-max z C=1.0, dokładność: 0.9767
Ewaluacja najlepszego modelu z kodowaniem amplitudowym (normalizacja: min-max)...
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z kodowaniem amplitudowym, normalizacja: min-max):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.90 0.95 0.92 19
Astrocytoma, anaplastic 0.89 1.00 0.94 42
Glioblastoma 1.00 0.95 0.98 109
Mixed glioma 1.00 0.97 0.99 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 1.00 1.00 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.97 258
macro avg 0.97 0.98 0.97 258
weighted avg 0.98 0.97 0.97 258
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z kodowaniem amplitudowym (min-max):
Accuracy: 0.9729
Precision: 0.9753
Recall: 0.9729
F1 Score: 0.9733
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 18 1 0 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 1 4 104 0 0 0]
[ 1 0 0 37 0 0]
[ 0 0 0 0 33 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 27.27 sekund
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
Klasyczny SVM: 1.0000
Kwantowy SVM: 0.9729
======= ANALIZA ZNACZENIA CECH =======
Najważniejsze cechy dla klasyfikacji:
Primary_Diagnosis_Glioblastoma: 0.3267
Primary_Diagnosis_Astrocytoma, anaplastic: 0.1795
Primary_Diagnosis_Mixed glioma: 0.1628
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, NOS: 0.1419
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, anaplastic: 0.0709
Czas analizy znaczenia cech: 264.58 sekund
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU AMPLITUDE =======
Data i czas zakończenia: 2025-08-06 23:20:49
Całkowity czas eksperymentu: 1754515249.57 sekund

145
wyniki/eksperyment_glowny/1/hybrid_1percent_added.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,145 @@
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) =======
Najlepsze parametry klasycznego SVM: {'C': 1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM: 0.9991701244813278
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM):
precision recall f1-score support
-- 1.00 1.00 1.00 2
Astrocytoma, NOS 1.00 1.00 1.00 26
Astrocytoma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 83
Glioblastoma 1.00 1.00 1.00 222
Mixed glioma 1.00 1.00 1.00 67
Oligodendroglioma, NOS 1.00 1.00 1.00 74
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 44
accuracy 1.00 518
macro avg 1.00 1.00 1.00 518
weighted avg 1.00 1.00 1.00 518
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM:
Accuracy: 1.0000
Precision: 1.0000
Recall: 1.0000
F1 Score: 1.0000
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 2 0 0 0 0 0 0]
[ 0 26 0 0 0 0 0]
[ 0 0 83 0 0 0 0]
[ 0 0 0 222 0 0 0]
[ 0 0 0 0 67 0 0]
[ 0 0 0 0 0 74 0]
[ 0 0 0 0 0 0 44]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM: 62.43 sekund
======= PODEJŚCIE HYBRYDOWE =======
Wczytano 2 wyników z wyniki/2025-08-04-dim_reduction-10-fold/qsvm_zz_cache_TCGA_GBM_LGG_Mutations_noise_1percent_added.json
Wczytano 1 wyników z wyniki/2025-08-04-dim_reduction-10-fold/qsvm_pauli_cache_TCGA_GBM_LGG_Mutations_noise_1percent_added.json
Wczytano 6 wyników z wyniki/2025-08-04-dim_reduction-10-fold/qsvm_z_cache_TCGA_GBM_LGG_Mutations_noise_1percent_added.json
Wczytano 9 wyników z wyniki/2025-08-04-dim_reduction-10-fold/qsvm_amplitude_cache_TCGA_GBM_LGG_Mutations_noise_1percent_added.json
Łącznie wczytano 18 wyników kwantowych
Wszystkie wyniki kwantowe:
Amplitude_min-max, C=10.0: 0.9875
Amplitude_min-max, C=1.0: 0.9867
Amplitude_min-max, C=0.1: 0.9851
Amplitude_l2, C=10.0: 0.9817
Amplitude_l2, C=1.0: 0.9676
Amplitude_l1, C=10.0: 0.8863
Amplitude_l2, C=0.1: 0.8739
Z1, C=10.0: 0.8209
Z2, C=10.0: 0.8209
Z1, C=1.0: 0.8159
Z2, C=1.0: 0.8117
ZZ1, C=1.0: 0.7231
Z2, C=0.1: 0.5390
Z1, C=0.1: 0.5381
Amplitude_l1, C=1.0: 0.4304
ZZ1, C=0.1: 0.4130
Pauli1, C=0.1: 0.4130
Amplitude_l1, C=0.1: 0.4130
Najlepszy wynik: Amplitude_min-max z C=10.0, score=0.9875
======= WYŻARZANIE SYMULOWANE =======
Tworzenie problemu QUBO dla optymalizacji hiperparametrów...
Wynik dla ZZ1, C=0.1: 0.4130
Wynik dla ZZ1, C=1.0: 0.7231
Wynik dla ZZ1, C=10.0: 0.0000
Wynik dla ZZ2, C=0.1: 0.0000
Wynik dla ZZ2, C=1.0: 0.0000
Wynik dla ZZ2, C=10.0: 0.0000
Wynik dla Pauli1, C=0.1: 0.4130
Wynik dla Pauli1, C=1.0: 0.0000
Wynik dla Pauli1, C=10.0: 0.0000
Wynik dla Pauli2, C=0.1: 0.0000
Wynik dla Pauli2, C=1.0: 0.0000
Wynik dla Pauli2, C=10.0: 0.0000
Wynik dla Z1, C=0.1: 0.5381
Wynik dla Z1, C=1.0: 0.8159
Wynik dla Z1, C=10.0: 0.8209
Wynik dla Z2, C=0.1: 0.5390
Wynik dla Z2, C=1.0: 0.8117
Wynik dla Z2, C=10.0: 0.8209
Czas tworzenia problemu QUBO: 0.00 sekund
Rozwiązywanie problemu QUBO za pomocą wyżarzania symulowanego...
Czas wyżarzania symulowanego: 9.83 sekund
Optymalne hiperparametry z wyżarzania symulowanego: feature_map=Z2, C=10.0
Czas trenowania modelu hybrydowego: 6183.50 sekund
Czas ewaluacji modelu hybrydowego: 4938.32 sekund
Dokładność ostatecznego modelu hybrydowego: 0.8707
Raport klasyfikacji (model hybrydowy):
precision recall f1-score support
-- 1.00 0.50 0.67 2
Astrocytoma, NOS 1.00 0.88 0.94 26
Astrocytoma, anaplastic 1.00 0.78 0.88 83
Glioblastoma 0.77 1.00 0.87 222
Mixed glioma 0.98 0.82 0.89 67
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.65 0.79 74
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 0.84 0.91 44
accuracy 0.87 518
macro avg 0.96 0.78 0.85 518
weighted avg 0.90 0.87 0.87 518
Szczegółowe metryki dla modelu Model hybrydowy:
Accuracy: 0.8707
Precision: 0.8995
Recall: 0.8707
F1 Score: 0.8692
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 1 0 0 1 0 0 0]
[ 0 23 0 3 0 0 0]
[ 0 0 65 18 0 0 0]
[ 0 0 0 222 0 0 0]
[ 0 0 0 12 55 0 0]
[ 0 0 0 25 1 48 0]
[ 0 0 0 7 0 0 37]]
Całkowity czas dla podejścia hybrydowego: 11131.70 sekund
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
Klasyczny SVM: 1.0000
Model hybrydowy: 0.8707
======= ANALIZA ZNACZENIA CECH =======
Najważniejsze cechy dla klasyfikacji:
Primary_Diagnosis_Glioblastoma: 0.2664
Primary_Diagnosis_Astrocytoma, anaplastic: 0.1461
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, NOS: 0.1305
Primary_Diagnosis_Mixed glioma: 0.1195
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, anaplastic: 0.0846
Primary_Diagnosis_Astrocytoma, NOS: 0.0486
Czas analizy znaczenia cech: 702.38 sekund
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU HYBRYDOWEGO =======
Data i czas zakończenia: 2025-08-14 12:10:49
Całkowity czas eksperymentu: 1755166249.57 sekund

133
wyniki/eksperyment_glowny/1/hybrid_1percent_substituted.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,133 @@
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) =======
Najlepsze parametry klasycznego SVM: {'C': 1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM: 0.9983333333333334
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM):
precision recall f1-score support
-- 1.00 1.00 1.00 2
Astrocytoma, NOS 1.00 1.00 1.00 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 45
Glioblastoma 1.00 1.00 1.00 107
Mixed glioma 1.00 1.00 1.00 35
Oligodendroglioma, NOS 1.00 1.00 1.00 31
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 20
accuracy 1.00 259
macro avg 1.00 1.00 1.00 259
weighted avg 1.00 1.00 1.00 259
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM:
Accuracy: 1.0000
Precision: 1.0000
Recall: 1.0000
F1 Score: 1.0000
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 2 0 0 0 0 0 0]
[ 0 19 0 0 0 0 0]
[ 0 0 45 0 0 0 0]
[ 0 0 0 107 0 0 0]
[ 0 0 0 0 35 0 0]
[ 0 0 0 0 0 31 0]
[ 0 0 0 0 0 0 20]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM: 18.55 sekund
======= PODEJŚCIE HYBRYDOWE =======
Wczytano 9 wyników z wyniki/2025-08-04-dim_reduction-10-fold/qsvm_amplitude_cache_TCGA_GBM_LGG_Mutations_noise_1percent_substituted.json
Łącznie wczytano 9 wyników kwantowych
Wszystkie wyniki kwantowe:
Amplitude_min-max, C=1.0: 0.9834
Amplitude_min-max, C=10.0: 0.9834
Amplitude_min-max, C=0.1: 0.9817
Amplitude_l2, C=10.0: 0.9635
Amplitude_l2, C=1.0: 0.9436
Amplitude_l2, C=0.1: 0.8012
Amplitude_l1, C=10.0: 0.7978
Amplitude_l1, C=0.1: 0.4183
Amplitude_l1, C=1.0: 0.4183
Najlepszy wynik: Amplitude_min-max z C=1.0, score=0.9834
======= WYŻARZANIE SYMULOWANE =======
Tworzenie problemu QUBO dla optymalizacji hiperparametrów...
Wynik dla ZZ1, C=0.1: 0.0000
Wynik dla ZZ1, C=1.0: 0.0000
Wynik dla ZZ1, C=10.0: 0.0000
Wynik dla ZZ2, C=0.1: 0.0000
Wynik dla ZZ2, C=1.0: 0.0000
Wynik dla ZZ2, C=10.0: 0.0000
Wynik dla Pauli1, C=0.1: 0.0000
Wynik dla Pauli1, C=1.0: 0.0000
Wynik dla Pauli1, C=10.0: 0.0000
Wynik dla Pauli2, C=0.1: 0.0000
Wynik dla Pauli2, C=1.0: 0.0000
Wynik dla Pauli2, C=10.0: 0.0000
Wynik dla Z1, C=0.1: 0.0000
Wynik dla Z1, C=1.0: 0.0000
Wynik dla Z1, C=10.0: 0.0000
Wynik dla Z2, C=0.1: 0.0000
Wynik dla Z2, C=1.0: 0.0000
Wynik dla Z2, C=10.0: 0.0000
Czas tworzenia problemu QUBO: 0.00 sekund
Rozwiązywanie problemu QUBO za pomocą wyżarzania symulowanego...
Czas wyżarzania symulowanego: 10.37 sekund
Optymalne hiperparametry z wyżarzania symulowanego: feature_map=Z2, C=10.0
Czas trenowania modelu hybrydowego: 1487.30 sekund
Czas ewaluacji modelu hybrydowego: 1311.91 sekund
Dokładność ostatecznego modelu hybrydowego: 0.6834
Raport klasyfikacji (model hybrydowy):
precision recall f1-score support
-- 0.00 0.00 0.00 2
Astrocytoma, NOS 1.00 0.53 0.69 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 0.40 0.57 45
Glioblastoma 0.57 1.00 0.72 107
Mixed glioma 1.00 0.57 0.73 35
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.55 0.71 31
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 0.25 0.40 20
accuracy 0.68 259
macro avg 0.80 0.47 0.55 259
weighted avg 0.81 0.68 0.66 259
Szczegółowe metryki dla modelu Model hybrydowy:
Accuracy: 0.6834
Precision: 0.8130
Recall: 0.6834
F1 Score: 0.6625
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 0 0 0 2 0 0 0]
[ 0 10 0 9 0 0 0]
[ 0 0 18 27 0 0 0]
[ 0 0 0 107 0 0 0]
[ 0 0 0 15 20 0 0]
[ 0 0 0 14 0 17 0]
[ 0 0 0 15 0 0 5]]
Całkowity czas dla podejścia hybrydowego: 2809.60 sekund
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
Klasyczny SVM: 1.0000
Model hybrydowy: 0.6834
======= ANALIZA ZNACZENIA CECH =======
Najważniejsze cechy dla klasyfikacji:
Primary_Diagnosis_Glioblastoma: 0.3347
Primary_Diagnosis_Astrocytoma, anaplastic: 0.1772
Primary_Diagnosis_Mixed glioma: 0.1556
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, NOS: 0.1116
Primary_Diagnosis_Astrocytoma, NOS: 0.0811
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, anaplastic: 0.0784
Czas analizy znaczenia cech: 283.94 sekund
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU HYBRYDOWEGO =======
Data i czas zakończenia: 2025-08-15 12:18:08
Całkowity czas eksperymentu: 1755253088.31 sekund