administrator
/
Genomic_data_QSVM
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Packages Projects Releases Wiki Activity

Delete wyniki/redukcja wymiarowosci/eksperyment 2/wyniki_svm_TCGA_GBM_LGG_Mutations_all_20250819_105108-2.txt

This commit is contained in:
Michał Kasprowicz 2025-08-29 07:12:21 +00:00
parent e1d3fad3df
commit b26193feb8
1 changed files with 0 additions and 823 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

823
wyniki/redukcja wymiarowosci/eksperyment 2/wyniki_svm_TCGA_GBM_LGG_Mutations_all_20250819_105108-2.txt
View File

@ -1,823 +0,0 @@
======= ROZPOCZĘCIE EKSPERYMENTU DLA PLIKU: dane/TCGA_GBM_LGG_Mutations_all.csv =======
Wyniki będą zapisane w: wyniki/dim_reduction/19082025-2/wyniki_svm_TCGA_GBM_LGG_Mutations_all_20250819_105108.txt
======= INFORMACJE O ŚRODOWISKU =======
Data i czas rozpoczęcia: 2025-08-19 10:51:08
Wersja NumPy: 1.24.3
Wersja Pandas: 2.0.3
Wersja scikit-learn: 1.3.0
Wersja Qiskit: 0.25.1
Wersja qiskit-machine-learning: 0.6.0
Wersja dimod: 0.12.20
Wersja neal: 0.6.0
======= WYBRANE EKSPERYMENTY =======
Klasyczny SVM: TAK
Kwantowy SVM: TAK
Podejście hybrydowe: TAK
======= AKTYWOWANE MAPY CECH =======
ZZ1: TAK
ZZ2: TAK
Pauli1: TAK
Pauli2: TAK
Z1: NIE
Z2: NIE
ZZ1_new: NIE
ZZ2_new: NIE
Amplitude_l2: TAK
Amplitude_l1: TAK
Amplitude_min-max: TAK
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
Wymiary oryginalnych danych: (858, 27)
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 360, 'Astrocytoma, anaplastic': 129, 'Mixed glioma': 128, 'Oligodendroglioma, NOS': 108, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 75, 'Astrocytoma, NOS': 58}
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (858, 24)
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Age_at_diagnosis', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
Kolumna Age_at_diagnosis zawiera wartości: ['51 years 108 days' '38 years 261 days' '35 years 62 days'
'32 years 283 days' '31 years 187 days' '33 years 78 days'
'35 years 68 days' '44 years 239 days' '33 years 350 days' '87 years'
'51 years 328 days' '54 years 95 days' '52 years 214 days'
'47 years 123 days' '34 years 132 days' '40 years 192 days'
'53 years 352 days' '41 years 70 days' '43 years 161 days'
'37 years 159 days' '47 years 173 days' '31 years 8 days'
'25 years 191 days' '66 years 305 days' '56 years 250 days'
'35 years 362 days' '51 years 363 days' '37 years 32 days'
'54 years 183 days' '32 years 76 days' '65 years 28 days'
'43 years 131 days' '51 years 59 days' '43 years 221 days'
'25 years 214 days' '45 years 24 days' '50 years 153 days'
'27 years 166 days' '53 years 252 days' '46 years 144 days'
'24 years 239 days' '34 years 70 days' '29 years 198 days'
'45 years 124 days' '62 years 90 days' '46 years 224 days'
'36 years 247 days' '62 years 202 days' '70 years 159 days'
'53 years 41 days' '48 years 124 days' '40 years 69 days'
'40 years 7 days' '20 years 359 days' '57 years 200 days'
'38 years 322 days' '52 years 192 days' '56 years 104 days'
'59 years 275 days' '67 years 107 days' '48 years 346 days'
'59 years 254 days' '58 years 147 days' '27 years 247 days'
'51 years 230 days' '74 years 11 days' '52 years 230 days'
'61 years 62 days' '66 years 146 days' '42 years 32 days'
'31 years 344 days' '48 years 268 days' '33 years 340 days'
'34 years 213 days' '24 years 54 days' '55 years 48 days'
'27 years 323 days' '29 years 32 days' '39 years 131 days'
'70 years 3 days' '30 years 338 days' '39 years 178 days'
'25 years 41 days' '48 years 160 days' '57 years 17 days'
'34 years 307 days' '58 years 137 days' '55 years 208 days'
'60 years 49 days' '38 years 13 days' '56 years 113 days'
'54 years 180 days' '31 years 152 days' '54 years 146 days'
'52 years 241 days' '33 years 54 days' '42 years 173 days'
'20 years 75 days' '64 years 106 days' '29 years 232 days'
'36 years 222 days' '31 years 362 days' '36 years 67 days'
'32 years 173 days' '38 years 292 days' '29 years 298 days'
'41 years 76 days' '35 years 189 days' '33 years 39 days'
'32 years 50 days' '49 years 276 days' '69 years 217 days'
'14 years 154 days' '33 years 349 days' '47 years 92 days'
'33 years 58 days' '63 years 364 days' '62 years 205 days'
'37 years 83 days' '53 years 183 days' '53 years 74 days'
'45 years 76 days' '33 years 331 days' '53 years 359 days'
'52 years 156 days' '64 years 304 days' '71 years 70 days'
'40 years 300 days' '36 years 354 days' '25 years 249 days'
'63 years 170 days' '40 years 310 days' '47 years 215 days'
'73 years 241 days' '24 years 51 days' '48 years 342 days'
'41 years 325 days' '36 years 189 days' '45 years 334 days'
'44 years 204 days' '27 years 6 days' '50 years 181 days'
'42 years 141 days' '40 years 248 days' '62 years 192 days'
'33 years 195 days' '46 years 42 days' '41 years 117 days'
'47 years 333 days' '56 years 159 days' '38 years 64 days'
'60 years 64 days' '29 years 150 days' '59 years 196 days'
'44 years 66 days' '69 years 60 days' '63 years 253 days'
'43 years 142 days' '61 years 316 days' '39 years 66 days'
'31 years 315 days' '51 years 164 days' '41 years 203 days'
'60 years 360 days' '74 years 158 days' '63 years 81 days'
'66 years 170 days' '51 years 312 days' '39 years 62 days'
'38 years 111 days' '37 years 92 days' '30 years 32 days'
'54 years 143 days' '36 years 357 days' '48 years 197 days'
'29 years 81 days' '32 years 135 days' '44 years 35 days'
'30 years 329 days' '57 years 287 days' '19 years 55 days'
'70 years 242 days' '63 years 67 days' '41 years 255 days'
'29 years 291 days' '42 years 318 days' '51 years 172 days'
'38 years 25 days' '28 years 344 days' '32 years 166 days'
'26 years 43 days' '67 years 329 days' '40 years 326 days'
'59 years 295 days' '58 years 16 days' '56 years 171 days'
'20 years 276 days' '49 years 296 days' '37 years 31 days'
'48 years 243 days' '71 years 227 days' '43 years 316 days'
'27 years 309 days' '25 years 78 days' '30 years 126 days'
'47 years 335 days' '31 years 262 days' '30 years 295 days'
'30 years 276 days' '24 years 146 days' '41 years 66 days'
'34 years 189 days' '56 years 155 days' '39 years 348 days'
'23 years 3 days' '31 years 273 days' '17 years 271 days'
'64 years 110 days' '27 years 221 days' '69 years 64 days'
'37 years 51 days' '44 years 92 days' '25 years 97 days'
'29 years 235 days' '26 years 209 days' '47 years 294 days'
'39 years 252 days' '35 years 26 days' '33 years 287 days'
'74 years 204 days' '50 years 167 days' '65 years 314 days'
'60 years 116 days' '34 years 346 days' '44 years 229 days'
'21 years 243 days' '55 years 87 days' '43 years 361 days'
'36 years 49 days' '70 years 100 days' '23 years 352 days'
'43 years 195 days' '30 years 264 days' '38 years 140 days'
'34 years 188 days' '55 years 92 days' '30 years 238 days'
'61 years 68 days' '44 years 344 days' '35 years 238 days'
'68 years 129 days' '44 years 206 days' '38 years 89 days'
'36 years 304 days' '52 years 32 days' '36 years 183 days'
'33 years 176 days' '60 years 119 days' '44 years 90 days'
'58 years 157 days' '33 years 364 days' '62 years 235 days'
'44 years 226 days' '36 years 311 days' '29 years 132 days'
'25 years 282 days' '20 years 307 days' '61 years 305 days'
'41 years 222 days' '47 years 224 days' '59 years 212 days'
'48 years 311 days' '38 years 24 days' '27 years 58 days'
'58 years 15 days' '26 years 118 days' '44 years 209 days'
'32 years 196 days' '22 years 305 days' '25 years 316 days'
'34 years 27 days' '24 years 278 days' '30 years 348 days'
'39 years 280 days' '22 years 236 days' '53 years 286 days'
'30 years 355 days' '37 years 239 days' '36 years 73 days'
'41 years 314 days' '57 years 201 days' '52 years 243 days'
'31 years 346 days' '32 years 167 days' '44 years 131 days'
'40 years 106 days' '44 years 263 days' '39 years 5 days'
'62 years 93 days' '45 years 296 days' '48 years 131 days'
'49 years 187 days' '38 years 194 days' '28 years 115 days'
'38 years 273 days' '37 years 81 days' '41 years 179 days'
'60 years 15 days' '50 years 232 days' '75 years 292 days'
'43 years 143 days' '52 years 63 days' '38 years 333 days'
'66 years 344 days' '30 years 57 days' '59 years 262 days'
'35 years 37 days' '38 years 203 days' '42 years 310 days'
'59 years 166 days' '26 years 94 days' '58 years 266 days'
'31 years 10 days' '30 years 161 days' '45 years 231 days'
'37 years 166 days' '34 years 162 days' '34 years 339 days'
'32 years 53 days' '66 years 176 days' '46 years 89 days'
'38 years 326 days' '33 years 213 days' '40 years 61 days'
'52 years 145 days' '59 years 359 days' '58 years 55 days'
'43 years 281 days' '33 years 192 days' '55 years 40 days'
'43 years 226 days' '60 years 123 days' '33 years 332 days'
'48 years 80 days' '70 years 205 days' '53 years 197 days'
'66 years 136 days' '36 years 275 days' '40 years 49 days'
'73 years 103 days' '36 years 165 days' '74 years 56 days'
'43 years 145 days' '40 years 323 days' '38 years 128 days'
'54 years 291 days' '63 years 54 days' '62 years 303 days'
'35 years 53 days' '39 years 174 days' '29 years 341 days'
'46 years 333 days' '46 years 110 days' '51 years 329 days'
'54 years 221 days' '42 years 91 days' '64 years 108 days'
'29 years 220 days' '65 years 195 days' '41 years 91 days'
'31 years 206 days' '58 years 5 days' '54 years 318 days'
'28 years 26 days' '20 years 116 days' '34 years 160 days'
'54 years 198 days' '45 years 259 days' '48 years 325 days'
'29 years 86 days' '22 years 8 days' '32 years 161 days'
'40 years 50 days' '61 years 47 days' '57 years 276 days'
'54 years 100 days' '56 years 317 days' '34 years 139 days'
'27 years 289 days' '37 years 149 days' '43 years 332 days'
'41 years 10 days' '33 years 104 days' '39 years 35 days'
'31 years 300 days' '67 years 219 days' '30 years 140 days'
'48 years 212 days' '50 years 302 days' '45 years 34 days'
'47 years 299 days' '32 years 158 days' '26 years 171 days'
'29 years 213 days' '28 years 79 days' '66 years 16 days'
'39 years 304 days' '33 years 238 days' '60 years 75 days'
'35 years 65 days' '35 years 45 days' '58 years 168 days'
'26 years 50 days' '30 years 113 days' '38 years 82 days'
'35 years 325 days' '39 years 291 days' '55 years 306 days'
'49 years 337 days' '50 years 59 days' '52 years 163 days'
'51 years 121 days' '61 years 285 days' '52 years 149 days'
'35 years 66 days' '47 years 266 days' '35 years 70 days'
'31 years 105 days' '--' '31 years 35 days' '37 years 50 days'
'37 years 97 days' '42 years 249 days' '32 years 116 days'
'61 years 22 days' '48 years 78 days' '34 years 42 days'
'30 years 252 days' '30 years 86 days' '28 years 195 days'
'47 years 226 days' '35 years 91 days' '23 years 171 days'
'49 years 264 days' '36 years 78 days' '54 years 268 days'
'22 years 300 days' '42 years 5 days' '28 years 213 days'
'25 years 232 days' '66 years 3 days' '46 years 181 days'
'57 years 310 days' '43 years 22 days' '49 years 309 days'
'33 years 99 days' '27 years 306 days' '62 years 166 days'
'55 years 153 days' '37 years 285 days' '37 years 107 days'
'32 years 122 days' '38 years 143 days' '42 years 289 days'
'47 years 165 days' '54 years 227 days' '29 years 49 days'
'39 years 359 days' '28 years 249 days' '23 years 108 days'
'21 years 276 days' '38 years 229 days' '49 years 302 days'
'38 years 308 days' '22 years 205 days' '67 years 215 days'
'73 years 329 days' '62 years 100 days' '57 years 314 days'
'30 years 334 days' '24 years 181 days' '20 years 84 days'
'41 years 116 days' '53 years 258 days' '34 years 237 days'
'51 years 350 days' '57 years 364 days' '31 years 176 days'
'57 years 141 days' '49 years 263 days' '60 years 106 days'
'73 years 250 days' '64 years 298 days' '73 years 164 days'
'33 years 239 days' '67 years 151 days' '72 years 74 days'
'69 years 124 days' '79 years 39 days' '68 years 7 days'
'76 years 5 days' '82 years 14 days' '58 years 9 days'
'52 years 251 days' '81 years 217 days' '74 years 172 days'
'76 years 87 days' '57 years 110 days' '67 years 121 days'
'63 years 313 days' '64 years 143 days' '69 years 50 days'
'66 years 28 days' '54 years 347 days' '60 years 114 days'
'45 years 230 days' '36 years 219 days' '49 years 174 days'
'69 years 219 days' '54 years 340 days' '58 years 327 days'
'61 years 183 days' '64 years 191 days' '65 years 309 days'
'60 years 298 days' '53 years 309 days' '39 years 193 days'
'58 years 227 days' '56 years 172 days' '65 years 344 days'
'36 years 59 days' '72 years 192 days' '48 years 348 days'
'39 years 157 days' '54 years 176 days' '63 years 333 days'
'66 years 159 days' '52 years 97 days' '89 years 105 days'
'54 years 242 days' '60 years 262 days' '77 years 116 days'
'60 years 264 days' '80 years 61 days' '51 years 264 days'
'53 years 145 days' '43 years 313 days' '74 years 144 days'
'76 years 118 days' '49 years 228 days' '48 years 333 days'
'68 years 334 days' '74 years 359 days' '69 years 211 days'
'64 years 192 days' '58 years 144 days' '47 years 88 days'
'61 years 282 days' '75 years 194 days' '52 years 246 days'
'47 years 199 days' '21 years 288 days' '72 years 169 days'
'68 years 108 days' '67 years' '52 years 238 days' '59 years 11 days'
'59 years 149 days' '48 years 362 days' '76 years 58 days'
'72 years 193 days' '51 years 113 days' '67 years 187 days'
'82 years 115 days' '64 years 209 days' '75 years 265 days'
'85 years 221 days' '73 years 105 days' '78 years 273 days'
'45 years 136 days' '42 years 225 days' '53 years 299 days'
'68 years 290 days' '43 years 245 days' '59 years 289 days'
'52 years 137 days' '61 years 244 days' '40 years 207 days'
'63 years 263 days' '63 years 307 days' '70 years 98 days'
'59 years 362 days' '56 years 101 days' '62 years 190 days'
'24 years 83 days' '72 years 345 days' '67 years 161 days'
'54 years 200 days' '86 years 155 days' '62 years 222 days'
'63 years 97 days' '58 years 200 days' '60 years 5 days'
'67 years 17 days' '23 years 310 days' '58 years 59 days'
'64 years 18 days' '65 years 37 days' '61 years 32 days'
'52 years 161 days' '77 years 139 days' '58 years 280 days'
'78 years 264 days' '63 years 122 days' '63 years 86 days'
'23 years 133 days' '65 years 94 days' '50 years 79 days'
'55 years 209 days' '60 years 258 days' '62 years 220 days'
'69 years 95 days' '56 years 187 days' '76 years 72 days'
'76 years 252 days' '86 years 8 days' '69 years 80 days'
'59 years 219 days' '75 years 337 days' '57 years 202 days'
'69 years 257 days' '45 years 226 days' '47 years 130 days'
'74 years 57 days' '78 years 93 days' '59 years 64 days'
'21 years 266 days' '81 years 34 days' '70 years 60 days'
'62 years 153 days' '75 years 191 days' '60 years 136 days'
'63 years 53 days' '61 years 52 days' '47 years 71 days'
'76 years 150 days' '84 years 287 days' '77 years 153 days'
'48 years 182 days' '69 years 223 days' '56 years 12 days'
'76 years 171 days' '70 years 117 days' '34 years 267 days'
'68 years 341 days' '54 years 216 days' '74 years 313 days'
'73 years 193 days' '57 years 112 days' '44 years 230 days'
'83 years 265 days' '74 years 291 days' '51 years 275 days'
'52 years 60 days' '73 years 102 days' '81 years 307 days'
'78 years 94 days' '57 years 312 days' '53 years 147 days'
'50 years 330 days' '78 years 56 days' '76 years 236 days'
'57 years 118 days' '36 years 108 days' '72 years 284 days'
'31 years 11 days' '65 years 66 days' '63 years 201 days'
'49 years 351 days' '59 years 311 days' '69 years 232 days'
'62 years 304 days' '52 years 270 days' '56 years 294 days'
'81 years 168 days' '40 years 293 days' '81 years 319 days'
'50 years 171 days' '38 years 8 days' '48 years 183 days'
'51 years 86 days' '66 years 341 days' '71 years 315 days'
'24 years 156 days' '63 years 195 days' '69 years 116 days'
'78 years 7 days' '30 years 155 days' '52 years 288 days'
'65 years 57 days' '78 years 271 days' '61 years 37 days'
'50 years 173 days' '39 years 57 days' '66 years 81 days'
'49 years 6 days' '54 years 78 days' '58 years 48 days' '73 years 4 days'
'53 years 303 days' '63 years 292 days' '66 years 191 days'
'49 years 322 days' '59 years 335 days' '54 years 327 days'
'57 years 274 days' '59 years 157 days' '44 years 55 days'
'58 years 14 days' '65 years 18 days' '67 years 34 days'
'75 years 172 days' '88 years 209 days' '53 years 85 days'
'75 years 126 days' '66 years 269 days' '51 years 51 days'
'40 years 360 days' '58 years 6 days' '57 years 29 days'
'55 years 144 days' '40 years 268 days' '40 years 206 days'
'54 years 89 days' '53 years 136 days' '56 years 9 days'
'59 years 306 days' '75 years 118 days' '59 years 10 days'
'44 years 135 days' '46 years 236 days' '68 years 248 days'
'30 years 340 days' '36 years 302 days' '78 years 270 days'
'83 years 235 days' '51 years 201 days' '63 years 118 days'
'59 years 227 days' '53 years 233 days' '74 years 83 days'
'60 years 246 days' '54 years 295 days' '63 years 9 days'
'58 years 308 days' '60 years 274 days' '71 years 257 days'
'75 years 78 days' '50 years 309 days' '67 years 6 days'
'60 years 358 days' '65 years 143 days' '51 years 90 days'
'45 years 301 days' '39 years 316 days' '70 years 245 days'
'73 years 133 days' '65 years 360 days' '72 years 251 days'
'61 years 177 days' '65 years 22 days' '30 years 327 days'
'64 years 50 days' '55 years 267 days' '79 years 123 days'
'74 years 294 days' '63 years 24 days' '81 years 21 days'
'53 years 86 days' '69 years 343 days' '60 years 342 days'
'55 years 214 days' '75 years 342 days' '47 years 349 days'
'71 years 148 days' '25 years 82 days' '61 years 247 days'
'47 years 302 days' '50 years 129 days' '72 years 97 days'
'31 years 7 days' '86 years 216 days' '38 years 214 days'
'72 years 302 days' '55 years 46 days' '66 years 320 days'
'55 years 361 days' '72 years 57 days' '33 years 7 days'
'83 years 114 days' '43 years 259 days' '68 years 224 days'
'79 years 183 days' '67 years 326 days' '49 years 298 days'
'66 years 256 days' '68 years 221 days' '47 years 52 days'
'61 years 218 days' '49 years 157 days' '67 years 120 days'
'32 years 268 days' '65 years 41 days' '66 years 213 days'
'62 years 281 days' '50 years 16 days' '34 years 111 days'
'61 years 11 days' '77 years 353 days' '54 years 101 days'
'51 years 32 days' '53 years 8 days' '78 years 253 days'
'46 years 337 days' '52 years 244 days' '48 years 249 days'
'51 years 205 days' '62 years 41 days' '58 years 20 days'
'61 years 112 days' '66 years 111 days' '64 years 43 days'
'56 years 114 days' '77 years 325 days' '85 years 65 days'
'77 years 178 days' '63 years 121 days' '76 years 221 days']
Kolumna Age_at_diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot.
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot.
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
'american indian or alaska native']
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot.
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
Wymiary danych po przekształceniu: (858, 867)
Wymiary danych wejściowych: (858, 867)
Wymiary danych po skalowaniu: (858, 867)
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
Testowanie PCA z 8 komponentami...
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 8)
Wyjaśniona wariancja: 0.0253
Czas wykonania PCA: 0.09 sekund
Testowanie PCA z 10 komponentami...
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 10)
Wyjaśniona wariancja: 0.0301
Czas wykonania PCA: 0.09 sekund
Testowanie PCA z 12 komponentami...
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 12)
Wyjaśniona wariancja: 0.0348
Czas wykonania PCA: 0.25 sekund
Testowanie PCA z 14 komponentami...
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 14)
Wyjaśniona wariancja: 0.0394
Czas wykonania PCA: 0.36 sekund
Testowanie PCA z 16 komponentami...
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 16)
Wyjaśniona wariancja: 0.0438
Czas wykonania PCA: 0.31 sekund
Wyniki redukcji wymiarowości zapisane do: wyniki/dim_reduction/19082025-2/dimension_reduction_results_TCGA_GBM_LGG_Mutations_all.json
Wybrano najlepszą wersję redukcji wymiarowości: pca_8
Wymiary domyślnego zbioru treningowego: (600, 8)
Wymiary domyślnego zbioru testowego: (258, 8)
Dostępne wersje zredukowanych danych:
pca_8: Train (600, 8), Test (258, 8)
pca_10: Train (600, 10), Test (258, 10)
pca_12: Train (600, 12), Test (258, 12)
pca_14: Train (600, 14), Test (258, 14)
pca_16: Train (600, 16), Test (258, 16)
Czas przygotowania danych: 1.36 sekund
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) =======
Testowanie klasycznego SVM na wersji danych: default
Wymiary danych: X_train (600, 8), X_test (258, 8)
Rozpoczęcie GridSearchCV dla default...
Najlepsze parametry klasycznego SVM (default): {'C': 1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM (default): 0.9667
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM - default):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.83 1.00 0.90 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 42
Glioblastoma 0.99 0.97 0.98 109
Mixed glioma 1.00 0.97 0.99 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.97 0.98 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.98 258
macro avg 0.97 0.99 0.98 258
weighted avg 0.98 0.98 0.98 258
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM (default):
Accuracy: 0.9806
Precision: 0.9832
Recall: 0.9806
F1 Score: 0.9812
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 19 0 0 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 3 0 106 0 0 0]
[ 0 0 1 37 0 0]
[ 1 0 0 0 32 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM (default): 1.33 sekund
Testowanie klasycznego SVM na wersji danych: pca_8
Wymiary danych: X_train (600, 8), X_test (258, 8)
Rozpoczęcie GridSearchCV dla pca_8...
Najlepsze parametry klasycznego SVM (pca_8): {'C': 1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM (pca_8): 0.9667
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM - pca_8):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.83 1.00 0.90 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 42
Glioblastoma 0.99 0.97 0.98 109
Mixed glioma 1.00 0.97 0.99 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.97 0.98 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.98 258
macro avg 0.97 0.99 0.98 258
weighted avg 0.98 0.98 0.98 258
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM (pca_8):
Accuracy: 0.9806
Precision: 0.9832
Recall: 0.9806
F1 Score: 0.9812
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 19 0 0 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 3 0 106 0 0 0]
[ 0 0 1 37 0 0]
[ 1 0 0 0 32 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM (pca_8): 1.32 sekund
Testowanie klasycznego SVM na wersji danych: pca_10
Wymiary danych: X_train (600, 10), X_test (258, 10)
Rozpoczęcie GridSearchCV dla pca_10...
Najlepsze parametry klasycznego SVM (pca_10): {'C': 10, 'gamma': 0.01, 'kernel': 'rbf'}
Dokładność klasycznego SVM (pca_10): 0.9667
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM - pca_10):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.89 0.89 0.89 19
Astrocytoma, anaplastic 0.89 1.00 0.94 42
Glioblastoma 0.98 0.96 0.97 109
Mixed glioma 1.00 0.97 0.99 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.97 0.98 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 0.94 0.97 17
accuracy 0.97 258
macro avg 0.96 0.96 0.96 258
weighted avg 0.97 0.97 0.97 258
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM (pca_10):
Accuracy: 0.9651
Precision: 0.9670
Recall: 0.9651
F1 Score: 0.9654
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 17 1 1 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 1 3 105 0 0 0]
[ 1 0 0 37 0 0]
[ 0 0 1 0 32 0]
[ 0 1 0 0 0 16]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM (pca_10): 1.31 sekund
Testowanie klasycznego SVM na wersji danych: pca_12
Wymiary danych: X_train (600, 12), X_test (258, 12)
Rozpoczęcie GridSearchCV dla pca_12...
Najlepsze parametry klasycznego SVM (pca_12): {'C': 0.1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM (pca_12): 0.9867
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM - pca_12):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.85 0.89 0.87 19
Astrocytoma, anaplastic 0.98 1.00 0.99 42
Glioblastoma 0.99 0.99 0.99 109
Mixed glioma 1.00 0.97 0.99 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.97 0.98 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.98 258
macro avg 0.97 0.97 0.97 258
weighted avg 0.98 0.98 0.98 258
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM (pca_12):
Accuracy: 0.9806
Precision: 0.9813
Recall: 0.9806
F1 Score: 0.9808
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 17 1 1 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 1 0 108 0 0 0]
[ 1 0 0 37 0 0]
[ 1 0 0 0 32 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM (pca_12): 1.36 sekund
Testowanie klasycznego SVM na wersji danych: pca_14
Wymiary danych: X_train (600, 14), X_test (258, 14)
Rozpoczęcie GridSearchCV dla pca_14...
Najlepsze parametry klasycznego SVM (pca_14): {'C': 0.1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM (pca_14): 0.9867
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM - pca_14):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.90 0.95 0.92 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 42
Glioblastoma 0.99 0.99 0.99 109
Mixed glioma 1.00 1.00 1.00 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 0.97 0.98 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.99 258
macro avg 0.98 0.98 0.98 258
weighted avg 0.99 0.99 0.99 258
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM (pca_14):
Accuracy: 0.9884
Precision: 0.9888
Recall: 0.9884
F1 Score: 0.9885
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 18 0 1 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 1 0 108 0 0 0]
[ 0 0 0 38 0 0]
[ 1 0 0 0 32 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM (pca_14): 1.42 sekund
Testowanie klasycznego SVM na wersji danych: pca_16
Wymiary danych: X_train (600, 16), X_test (258, 16)
Rozpoczęcie GridSearchCV dla pca_16...
Najlepsze parametry klasycznego SVM (pca_16): {'C': 0.1, 'gamma': 'scale', 'kernel': 'linear'}
Dokładność klasycznego SVM (pca_16): 0.9933
Raport klasyfikacji (klasyczny SVM - pca_16):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.94 0.89 0.92 19
Astrocytoma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 42
Glioblastoma 0.98 0.99 0.99 109
Mixed glioma 1.00 1.00 1.00 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 1.00 1.00 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.99 258
macro avg 0.99 0.98 0.98 258
weighted avg 0.99 0.99 0.99 258
Szczegółowe metryki dla modelu Klasyczny SVM (pca_16):
Accuracy: 0.9884
Precision: 0.9882
Recall: 0.9884
F1 Score: 0.9882
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 17 0 2 0 0 0]
[ 0 42 0 0 0 0]
[ 1 0 108 0 0 0]
[ 0 0 0 38 0 0]
[ 0 0 0 0 33 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Czas trenowania i ewaluacji klasycznego SVM (pca_16): 1.48 sekund
Wyniki klasycznego SVM zapisane do: wyniki/dim_reduction/19082025-2/classic_svm_results_TCGA_GBM_LGG_Mutations_all.json
======= SVM Z JĄDREM KWANTOWYM =======
Brak wyników w cache, używanie tymczasowych wyników.
DEBUG - Wymiary danych treningowych: (600, 8)
DEBUG - Mapa cech ZZ1 ma 8 kubitów
DEBUG - Mapa cech ZZ2 ma 8 kubitów
DEBUG - Mapa cech Pauli1 ma 8 kubitów
DEBUG - Mapa cech Pauli2 ma 8 kubitów
Testowanie ZZ1 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z ZZ1, C=0.1: 0.4183 (czas: 6260.23 s)
Testowanie ZZ1 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z ZZ1, C=1.0: 0.6117 (czas: 6256.16 s)
Testowanie ZZ1 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z ZZ1, C=10.0: 0.6317 (czas: 6259.93 s)
Testowanie ZZ2 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z ZZ2, C=0.1: 0.4183 (czas: 10613.47 s)
Testowanie ZZ2 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z ZZ2, C=1.0: 0.5467 (czas: 10613.66 s)
Testowanie ZZ2 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z ZZ2, C=10.0: 0.5817 (czas: 10607.32 s)
Testowanie Pauli1 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Pauli1, C=0.1: 0.4183 (czas: 6271.53 s)
Testowanie Pauli1 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Pauli1, C=1.0: 0.6100 (czas: 6273.75 s)
Testowanie Pauli1 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Pauli1, C=10.0: 0.6350 (czas: 6273.05 s)
Testowanie Pauli2 z C=0.1...
Dokładność kwantowego SVM z Pauli2, C=0.1: 0.4183 (czas: 10614.06 s)
Testowanie Pauli2 z C=1.0...
Dokładność kwantowego SVM z Pauli2, C=1.0: 0.5450 (czas: 10918.57 s)
Testowanie Pauli2 z C=10.0...
Dokładność kwantowego SVM z Pauli2, C=10.0: 0.5717 (czas: 10893.87 s)
Testowanie Amplitude_l2 z C=0.1...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją l2...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l2, C=0.1: 0.7433 (czas: 4.19 s)
Testowanie Amplitude_l2 z C=1.0...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją l2...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l2, C=1.0: 0.8783 (czas: 4.19 s)
Testowanie Amplitude_l2 z C=10.0...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją l2...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l2, C=10.0: 0.8800 (czas: 4.18 s)
Testowanie Amplitude_l1 z C=0.1...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją l1...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l1, C=0.1: 0.4183 (czas: 4.19 s)
Testowanie Amplitude_l1 z C=1.0...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją l1...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l1, C=1.0: 0.4550 (czas: 4.19 s)
Testowanie Amplitude_l1 z C=10.0...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją l1...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_l1, C=10.0: 0.8533 (czas: 4.22 s)
Testowanie Amplitude_min-max z C=0.1...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją min-max...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_min-max, C=0.1: 0.8667 (czas: 4.29 s)
Testowanie Amplitude_min-max z C=1.0...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją min-max...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_min-max, C=1.0: 0.9367 (czas: 4.30 s)
Testowanie Amplitude_min-max z C=10.0...
Używanie kodowania amplitudowego z normalizacją min-max...
Dokładność kwantowego SVM z Amplitude_min-max, C=10.0: 0.9450 (czas: 4.30 s)
Najlepszy kwantowy SVM: Amplitude_min-max z C=10.0, dokładność: 0.9450
Ewaluacja najlepszego modelu z kodowaniem amplitudowym (normalizacja: min-max)...
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z kodowaniem amplitudowym, normalizacja: min-max):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.84 0.84 0.84 19
Astrocytoma, anaplastic 0.97 0.93 0.95 42
Glioblastoma 0.97 0.98 0.98 109
Mixed glioma 0.97 1.00 0.99 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 1.00 1.00 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.97 258
macro avg 0.96 0.96 0.96 258
weighted avg 0.97 0.97 0.97 258
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z kodowaniem amplitudowym (min-max):
Accuracy: 0.9690
Precision: 0.9690
Recall: 0.9690
F1 Score: 0.9689
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 16 1 2 0 0 0]
[ 2 39 1 0 0 0]
[ 1 0 107 1 0 0]
[ 0 0 0 38 0 0]
[ 0 0 0 0 33 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 101896.78 sekund
======= PODEJŚCIE HYBRYDOWE =======
Używanie mniejszego zbioru danych dla ewaluacji: (240, 8)
Tworzenie problemu QUBO dla optymalizacji hiperparametrów...
Używanie 7 map cech w podejściu hybrydowym: ['ZZ1', 'ZZ2', 'Pauli1', 'Pauli2', 'Amplitude_l2', 'Amplitude_l1', 'Amplitude_min-max']
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla ZZ1, C=0.1: 0.4183
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla ZZ1, C=1.0: 0.6117
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla ZZ1, C=10.0: 0.6317
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla ZZ2, C=0.1: 0.4183
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla ZZ2, C=1.0: 0.5467
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla ZZ2, C=10.0: 0.5817
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Pauli1, C=0.1: 0.4183
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Pauli1, C=1.0: 0.6100
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Pauli1, C=10.0: 0.6350
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Pauli2, C=0.1: 0.4183
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Pauli2, C=1.0: 0.5450
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Pauli2, C=10.0: 0.5717
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_l2, C=0.1: 0.7433
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_l2, C=1.0: 0.8783
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_l2, C=10.0: 0.8800
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_l1, C=0.1: 0.4183
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_l1, C=1.0: 0.4550
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_l1, C=10.0: 0.8533
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_min-max, C=0.1: 0.8667
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_min-max, C=1.0: 0.9367
Używanie wcześniej obliczonego wyniku dla Amplitude_min-max, C=10.0: 0.9450
Czas tworzenia problemu QUBO: 0.00 sekund
Rozwiązywanie problemu QUBO za pomocą wyżarzania kwantowego...
Czas wyżarzania kwantowego: 0.09 sekund
Optymalne hiperparametry z wyżarzania kwantowego: feature_map=Amplitude_min-max, C=10.0
Trenowanie modelu hybrydowego z kodowaniem amplitudowym (normalizacja: min-max)...
Czas trenowania modelu hybrydowego: 2.13 sekund
Czas ewaluacji modelu hybrydowego: 0.91 sekund
Dokładność ostatecznego modelu hybrydowego: 0.9690
Raport klasyfikacji (model hybrydowy):
precision recall f1-score support
Astrocytoma, NOS 0.84 0.84 0.84 19
Astrocytoma, anaplastic 0.97 0.93 0.95 42
Glioblastoma 0.97 0.98 0.98 109
Mixed glioma 0.97 1.00 0.99 38
Oligodendroglioma, NOS 1.00 1.00 1.00 33
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 1.00 1.00 17
accuracy 0.97 258
macro avg 0.96 0.96 0.96 258
weighted avg 0.97 0.97 0.97 258
Szczegółowe metryki dla modelu Model hybrydowy:
Accuracy: 0.9690
Precision: 0.9690
Recall: 0.9690
F1 Score: 0.9689
ROC AUC: N/A
Macierz pomyłek:
[[ 16 1 2 0 0 0]
[ 2 39 1 0 0 0]
[ 1 0 107 1 0 0]
[ 0 0 0 38 0 0]
[ 0 0 0 0 33 0]
[ 0 0 0 0 0 17]]
Całkowity czas dla podejścia hybrydowego: 3.17 sekund
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
Klasyczny SVM: 0.9883720930232558
Kwantowy SVM (bez wyżarzania): 0.9450
Model hybrydowy: 0.9690
======= PORÓWNANIE CZASÓW WYKONANIA =======
Czas przygotowania danych: 1.36 sekund
Czas klasycznego SVM: 1.48 sekund
Czas kwantowego SVM: 101896.78 sekund
Czas podejścia hybrydowego: 3.17 sekund
======= ANALIZA ZNACZENIA CECH =======
Wytrenowanie modelu na oryginalnych danych do analizy znaczenia cech...
Najważniejsze cechy dla klasyfikacji:
Primary_Diagnosis_Astrocytoma, anaplastic: 0.1531
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, NOS: 0.1353
Primary_Diagnosis_Mixed glioma: 0.1314
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, anaplastic: 0.0663
Primary_Diagnosis_Glioblastoma: 0.0531
Czas analizy znaczenia cech: 536.52 sekund
======= KLUCZOWE MUTACJE ZWIĄZANE Z KLASYFIKACJĄ NOWOTWORÓW =======
Kluczowe mutacje:
Primary_Diagnosis_Astrocytoma, anaplastic: 0.1531
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, NOS: 0.1353
Primary_Diagnosis_Mixed glioma: 0.1314
Primary_Diagnosis_Oligodendroglioma, anaplastic: 0.0663
Primary_Diagnosis_Glioblastoma: 0.0531
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU =======
Data i czas zakończenia: 2025-08-20 15:18:34
Całkowity czas eksperymentu: 102446.16 sekund (1707.44 minut)
======= PODSUMOWANIE METRYK =======
Klasyczny SVM:
accuracy: 0.9883720930232558
precision: 0.9882272335760708
recall: 0.9883720930232558
f1: 0.9882415068780154
roc_auc: N/A
Kwantowy SVM:
accuracy: 0.9689922480620154
precision: 0.9690035416779602
recall: 0.9689922480620154
f1: 0.9688725912550494
roc_auc: N/A
Model hybrydowy:
accuracy: 0.9689922480620154
precision: 0.9690035416779602
recall: 0.9689922480620154
f1: 0.9688725912550494
roc_auc: N/A