85 lines
2.6 KiB
Bash
85 lines
2.6 KiB
Bash
#!/bin/bash
|
|
|
|
# Skrypt do uruchomienia eksperymentu 2 w chmurze VAST.AI
|
|
# Autor: Michał - Praca magisterska
|
|
# Data: $(date)
|
|
|
|
echo "======= URUCHAMIANIE EKSPERYMENTU 2: PODZBIORY GENÓW ======="
|
|
echo "Data rozpoczęcia: $(date)"
|
|
echo "Liczba dostępnych rdzeni CPU: $(nproc)"
|
|
echo ""
|
|
|
|
# Sprawdź czy plik experiments.py istnieje
|
|
if [ ! -f "experiments.py" ]; then
|
|
echo "BŁĄD: Plik experiments.py nie został znaleziony!"
|
|
echo "Upewnij się, że jesteś w odpowiednim katalogu."
|
|
exit 1
|
|
fi
|
|
|
|
# Sprawdź czy katalog z danymi istnieje
|
|
if [ ! -d "dane" ]; then
|
|
echo "BŁĄD: Katalog 'dane' nie został znaleziony!"
|
|
echo "Upewnij się, że dane zostały przesłane na serwer."
|
|
exit 1
|
|
fi
|
|
|
|
# Sprawdź czy plik z danymi istnieje
|
|
if [ ! -f "dane/TCGA_GBM_LGG_Mutations_clean.csv" ]; then
|
|
echo "BŁĄD: Plik danych TCGA_GBM_LGG_Mutations_clean.csv nie został znaleziony!"
|
|
echo "Sprawdź czy dane zostały poprawnie przesłane."
|
|
exit 1
|
|
fi
|
|
|
|
echo "Wszystkie wymagane pliki zostały znalezione."
|
|
echo ""
|
|
|
|
# Sprawdź czy biblioteki są zainstalowane
|
|
echo "Sprawdzanie instalacji bibliotek..."
|
|
python3 -c "import numpy, pandas, sklearn, qiskit" 2>/dev/null
|
|
if [ $? -ne 0 ]; then
|
|
echo "Instalowanie wymaganych bibliotek..."
|
|
pip install numpy pandas scikit-learn qiskit qiskit-aer qiskit-machine-learning
|
|
if [ $? -ne 0 ]; then
|
|
echo "BŁĄD: Nie udało się zainstalować bibliotek!"
|
|
exit 1
|
|
fi
|
|
else
|
|
echo "Wszystkie biblioteki są zainstalowane."
|
|
fi
|
|
|
|
# Sprawdź czy qiskit-aer jest zainstalowany (wymagane dla nowszych wersji)
|
|
echo "Sprawdzanie qiskit-aer..."
|
|
python3 -c "import qiskit_aer" 2>/dev/null
|
|
if [ $? -ne 0 ]; then
|
|
echo "Instalowanie qiskit-aer..."
|
|
pip install qiskit-aer
|
|
if [ $? -ne 0 ]; then
|
|
echo "OSTRZEŻENIE: Nie udało się zainstalować qiskit-aer, ale eksperyment może działać z starszą wersją Qiskit"
|
|
fi
|
|
fi
|
|
|
|
echo ""
|
|
echo "Uruchamianie eksperymentu..."
|
|
echo ""
|
|
|
|
# Uruchom eksperyment
|
|
python3 experiments.py
|
|
|
|
# Sprawdź czy eksperyment zakończył się sukcesem
|
|
if [ $? -eq 0 ]; then
|
|
echo ""
|
|
echo "======= EKSPERYMENT ZAKOŃCZONY SUKCESEM ======="
|
|
echo "Data zakończenia: $(date)"
|
|
echo ""
|
|
echo "Wyniki zostały zapisane w katalogu: wyniki/eksperyment_2_podzbiory_genow/"
|
|
echo ""
|
|
echo "Sprawdź pliki wyników:"
|
|
ls -la wyniki/eksperyment_2_podzbiory_genow/ 2>/dev/null || echo "Katalog wyników nie został utworzony."
|
|
else
|
|
echo ""
|
|
echo "======= EKSPERYMENT ZAKOŃCZONY BŁĘDEM ======="
|
|
echo "Data zakończenia: $(date)"
|
|
echo "Sprawdź logi powyżej aby zidentyfikować problem."
|
|
exit 1
|
|
fi
|