Upload files to "wyniki/eksperyment_glowny/2"
This commit is contained in:
parent
5527e21a19
commit
55aec56b78
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
|||
|
||||
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
|
||||
Wymiary oryginalnych danych: (1716, 27)
|
||||
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 695, 'Mixed glioma': 266, 'Astrocytoma, anaplastic': 254, 'Oligodendroglioma, NOS': 221, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 158, 'Astrocytoma, NOS': 122}
|
||||
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (1716, 24)
|
||||
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
|
||||
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
|
||||
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
|
||||
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
|
||||
'american indian or alaska native']
|
||||
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
|
||||
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Wymiary danych po przekształceniu: (1716, 31)
|
||||
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
|
||||
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
|
||||
Wypełnianie brakujących wartości...
|
||||
Wymiary danych wejściowych: (1716, 31)
|
||||
Wymiary danych po skalowaniu: (1716, 31)
|
||||
|
||||
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
|
||||
Liczba komponentów PCA: 12
|
||||
Wymiary danych po redukcji PCA: (1716, 12)
|
||||
Wyjaśniona wariancja: 0.5660
|
||||
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
|
||||
Wymiary zbioru treningowego: (1201, 12)
|
||||
Wymiary zbioru testowego: (515, 12)
|
||||
|
||||
Czas przygotowania danych: 0.04 sekund
|
||||
|
||||
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
|
||||
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
|
||||
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
|
||||
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
|
||||
|
||||
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
|
||||
|
||||
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.6361 (czas: 24454.97 s)
|
||||
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.6669 (czas: 24445.13 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4730 (czas: 32805.77 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.6820 (czas: 32858.25 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.7036 (czas: 32751.88 s)
|
||||
|
||||
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.7036
|
||||
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
|
||||
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
|
||||
precision recall f1-score support
|
||||
|
||||
Astrocytoma, NOS 0.94 0.41 0.57 39
|
||||
Astrocytoma, anaplastic 0.74 0.53 0.62 76
|
||||
Glioblastoma 0.59 0.92 0.72 204
|
||||
Mixed glioma 0.74 0.59 0.66 83
|
||||
Oligodendroglioma, NOS 0.69 0.43 0.53 63
|
||||
Oligodendroglioma, anaplastic 0.75 0.30 0.43 50
|
||||
|
||||
accuracy 0.65 515
|
||||
macro avg 0.74 0.53 0.59 515
|
||||
weighted avg 0.69 0.65 0.63 515
|
||||
|
||||
|
||||
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
|
||||
Accuracy: 0.6485
|
||||
Precision: 0.6900
|
||||
Recall: 0.6485
|
||||
F1 Score: 0.6297
|
||||
ROC AUC: N/A
|
||||
|
||||
Macierz pomyłek:
|
||||
[[ 16 0 20 2 1 0]
|
||||
[ 0 40 27 7 1 1]
|
||||
[ 1 4 187 6 4 2]
|
||||
[ 0 8 25 49 1 0]
|
||||
[ 0 1 32 1 27 2]
|
||||
[ 0 1 28 1 5 15]]
|
||||
|
||||
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 157067.35 sekund
|
||||
|
||||
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
|
||||
Kwantowy SVM: 0.6485
|
||||
|
||||
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
|
||||
Data i czas zakończenia: 2025-09-06 07:21:38
|
||||
Całkowity czas eksperymentu: 1757136098.39 sekund
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,54 @@
|
|||
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.6361 (czas: 24454.97 s)
|
||||
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.6669 (czas: 24445.13 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4730 (czas: 32805.77 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.6820 (czas: 32858.25 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.7036 (czas: 32751.88 s)
|
||||
|
||||
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.7036
|
||||
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
|
||||
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
|
||||
precision recall f1-score support
|
||||
|
||||
Astrocytoma, NOS 0.94 0.41 0.57 39
|
||||
Astrocytoma, anaplastic 0.74 0.53 0.62 76
|
||||
Glioblastoma 0.59 0.92 0.72 204
|
||||
Mixed glioma 0.74 0.59 0.66 83
|
||||
Oligodendroglioma, NOS 0.69 0.43 0.53 63
|
||||
Oligodendroglioma, anaplastic 0.75 0.30 0.43 50
|
||||
|
||||
accuracy 0.65 515
|
||||
macro avg 0.74 0.53 0.59 515
|
||||
weighted avg 0.69 0.65 0.63 515
|
||||
|
||||
|
||||
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
|
||||
Accuracy: 0.6485
|
||||
Precision: 0.6900
|
||||
Recall: 0.6485
|
||||
F1 Score: 0.6297
|
||||
ROC AUC: N/A
|
||||
|
||||
Macierz pomyłek:
|
||||
[[ 16 0 20 2 1 0]
|
||||
[ 0 40 27 7 1 1]
|
||||
[ 1 4 187 6 4 2]
|
||||
[ 0 8 25 49 1 0]
|
||||
[ 0 1 32 1 27 2]
|
||||
[ 0 1 28 1 5 15]]
|
||||
|
||||
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 157067.35 sekund
|
||||
|
||||
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
|
||||
Kwantowy SVM: 0.6485
|
||||
|
||||
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
|
||||
Data i czas zakończenia: 2025-09-06 07:21:38
|
||||
Całkowity czas eksperymentu: 1757136098.39 sekund
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
|||
|
||||
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
|
||||
Wymiary oryginalnych danych: (858, 27)
|
||||
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Astrocytoma, NOS' 'Astrocytoma, anaplastic'
|
||||
'Mixed glioma' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 337, 'Astrocytoma, anaplastic': 132, 'Mixed glioma': 129, 'Oligodendroglioma, NOS': 107, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 85, 'Astrocytoma, NOS': 68}
|
||||
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (858, 24)
|
||||
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
|
||||
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
|
||||
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Astrocytoma, NOS' 'Astrocytoma, anaplastic'
|
||||
'Mixed glioma' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
|
||||
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
|
||||
'american indian or alaska native']
|
||||
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
|
||||
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Wymiary danych po przekształceniu: (858, 31)
|
||||
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
|
||||
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
|
||||
Wypełnianie brakujących wartości...
|
||||
Wymiary danych wejściowych: (858, 31)
|
||||
Wymiary danych po skalowaniu: (858, 31)
|
||||
|
||||
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
|
||||
Liczba komponentów PCA: 12
|
||||
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 12)
|
||||
Wyjaśniona wariancja: 0.5471
|
||||
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
|
||||
Wymiary zbioru treningowego: (600, 12)
|
||||
Wymiary zbioru testowego: (258, 12)
|
||||
|
||||
Czas przygotowania danych: 0.02 sekund
|
||||
|
||||
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
|
||||
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
|
||||
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
|
||||
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
|
||||
|
||||
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
|
||||
|
||||
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.4350 (czas: 6109.51 s)
|
||||
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.4500 (czas: 6107.70 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.3950 (czas: 8161.85 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.4617 (czas: 8534.20 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.4800 (czas: 8671.68 s)
|
||||
|
||||
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.4800
|
||||
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
|
||||
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
|
||||
precision recall f1-score support
|
||||
|
||||
Astrocytoma, NOS 0.67 0.09 0.16 22
|
||||
Astrocytoma, anaplastic 0.70 0.30 0.42 46
|
||||
Glioblastoma 0.50 0.98 0.66 100
|
||||
Mixed glioma 0.60 0.31 0.41 39
|
||||
Oligodendroglioma, NOS 0.75 0.17 0.28 35
|
||||
Oligodendroglioma, anaplastic 0.40 0.25 0.31 16
|
||||
|
||||
accuracy 0.53 258
|
||||
macro avg 0.60 0.35 0.37 258
|
||||
weighted avg 0.59 0.53 0.46 258
|
||||
|
||||
|
||||
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
|
||||
Accuracy: 0.5271
|
||||
Precision: 0.5917
|
||||
Recall: 0.5271
|
||||
F1 Score: 0.4635
|
||||
ROC AUC: N/A
|
||||
|
||||
Macierz pomyłek:
|
||||
[[ 2 0 19 1 0 0]
|
||||
[ 0 14 26 5 0 1]
|
||||
[ 1 1 98 0 0 0]
|
||||
[ 0 3 21 12 1 2]
|
||||
[ 0 2 22 2 6 3]
|
||||
[ 0 0 11 0 1 4]]
|
||||
|
||||
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 42736.96 sekund
|
||||
|
||||
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
|
||||
Kwantowy SVM: 0.5271
|
||||
|
||||
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
|
||||
Data i czas zakończenia: 2025-09-11 10:50:34
|
||||
Całkowity czas eksperymentu: 1757580634.70 sekund
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
|||
|
||||
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
|
||||
Wymiary oryginalnych danych: (1716, 27)
|
||||
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 711, 'Astrocytoma, anaplastic': 256, 'Mixed glioma': 248, 'Oligodendroglioma, NOS': 217, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 159, 'Astrocytoma, NOS': 125}
|
||||
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (1716, 24)
|
||||
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
|
||||
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
|
||||
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
|
||||
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
|
||||
'american indian or alaska native']
|
||||
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
|
||||
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Wymiary danych po przekształceniu: (1716, 31)
|
||||
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
|
||||
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
|
||||
Wypełnianie brakujących wartości...
|
||||
Wymiary danych wejściowych: (1716, 31)
|
||||
Wymiary danych po skalowaniu: (1716, 31)
|
||||
|
||||
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
|
||||
Liczba komponentów PCA: 12
|
||||
Wymiary danych po redukcji PCA: (1716, 12)
|
||||
Wyjaśniona wariancja: 0.5777
|
||||
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
|
||||
Wymiary zbioru treningowego: (1201, 12)
|
||||
Wymiary zbioru testowego: (515, 12)
|
||||
|
||||
Czas przygotowania danych: 0.05 sekund
|
||||
|
||||
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
|
||||
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
|
||||
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
|
||||
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
|
||||
|
||||
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
|
||||
|
||||
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.7294 (czas: 24425.02 s)
|
||||
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.7502 (czas: 24420.84 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.5054 (czas: 32634.25 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.7527 (czas: 32648.95 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.7752 (czas: 32637.15 s)
|
||||
|
||||
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.7752
|
||||
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
|
||||
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
|
||||
precision recall f1-score support
|
||||
|
||||
Astrocytoma, NOS 1.00 0.45 0.62 42
|
||||
Astrocytoma, anaplastic 0.90 0.65 0.75 80
|
||||
Glioblastoma 0.67 0.99 0.80 211
|
||||
Mixed glioma 0.97 0.75 0.84 75
|
||||
Oligodendroglioma, NOS 0.93 0.62 0.74 60
|
||||
Oligodendroglioma, anaplastic 0.90 0.60 0.72 47
|
||||
|
||||
accuracy 0.78 515
|
||||
macro avg 0.89 0.67 0.75 515
|
||||
weighted avg 0.83 0.78 0.77 515
|
||||
|
||||
|
||||
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
|
||||
Accuracy: 0.7767
|
||||
Precision: 0.8274
|
||||
Recall: 0.7767
|
||||
F1 Score: 0.7700
|
||||
ROC AUC: N/A
|
||||
|
||||
Macierz pomyłek:
|
||||
[[ 19 1 22 0 0 0]
|
||||
[ 0 52 27 1 0 0]
|
||||
[ 0 2 208 0 1 0]
|
||||
[ 0 3 16 56 0 0]
|
||||
[ 0 0 19 1 37 3]
|
||||
[ 0 0 17 0 2 28]]
|
||||
|
||||
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 156506.62 sekund
|
||||
|
||||
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
|
||||
Kwantowy SVM: 0.7767
|
||||
|
||||
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
|
||||
Data i czas zakończenia: 2025-09-04 11:43:50
|
||||
Całkowity czas eksperymentu: 1756979030.93 sekund
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
|||
|
||||
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
|
||||
Wymiary oryginalnych danych: (858, 27)
|
||||
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS' 'Astrocytoma, anaplastic'
|
||||
'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, NOS' 'Glioblastoma']
|
||||
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 347, 'Mixed glioma': 132, 'Astrocytoma, anaplastic': 122, 'Oligodendroglioma, NOS': 113, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 79, 'Astrocytoma, NOS': 65}
|
||||
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (858, 24)
|
||||
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
|
||||
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
|
||||
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS' 'Astrocytoma, anaplastic'
|
||||
'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, NOS' 'Glioblastoma']
|
||||
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
|
||||
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'not reported' 'black or african american'
|
||||
'american indian or alaska native']
|
||||
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
|
||||
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna CIC zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||
Wymiary danych po przekształceniu: (858, 31)
|
||||
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
|
||||
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
|
||||
Wypełnianie brakujących wartości...
|
||||
Wymiary danych wejściowych: (858, 31)
|
||||
Wymiary danych po skalowaniu: (858, 31)
|
||||
|
||||
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
|
||||
Liczba komponentów PCA: 12
|
||||
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 12)
|
||||
Wyjaśniona wariancja: 0.5688
|
||||
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
|
||||
Wymiary zbioru treningowego: (600, 12)
|
||||
Wymiary zbioru testowego: (258, 12)
|
||||
|
||||
Czas przygotowania danych: 0.02 sekund
|
||||
|
||||
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
|
||||
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
|
||||
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
|
||||
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
|
||||
|
||||
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
|
||||
|
||||
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.5467 (czas: 6096.13 s)
|
||||
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.5717 (czas: 6097.96 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4117 (czas: 8161.63 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.5633 (czas: 8166.17 s)
|
||||
Testowanie Z2 z C=10.0...
|
||||
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.5883 (czas: 8169.06 s)
|
||||
|
||||
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.5883
|
||||
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
|
||||
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
|
||||
precision recall f1-score support
|
||||
|
||||
Astrocytoma, NOS 0.86 0.29 0.43 21
|
||||
Astrocytoma, anaplastic 0.94 0.41 0.57 39
|
||||
Glioblastoma 0.52 1.00 0.68 100
|
||||
Mixed glioma 0.79 0.47 0.59 40
|
||||
Oligodendroglioma, NOS 0.89 0.22 0.36 36
|
||||
Oligodendroglioma, anaplastic 1.00 0.32 0.48 22
|
||||
|
||||
accuracy 0.60 258
|
||||
macro avg 0.83 0.45 0.52 258
|
||||
weighted avg 0.74 0.60 0.57 258
|
||||
|
||||
|
||||
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
|
||||
Accuracy: 0.6047
|
||||
Precision: 0.7439
|
||||
Recall: 0.6047
|
||||
F1 Score: 0.5678
|
||||
ROC AUC: N/A
|
||||
|
||||
Macierz pomyłek:
|
||||
[[ 6 0 15 0 0 0]
|
||||
[ 0 16 18 4 1 0]
|
||||
[ 0 0 100 0 0 0]
|
||||
[ 0 1 20 19 0 0]
|
||||
[ 1 0 27 0 8 0]
|
||||
[ 0 0 14 1 0 7]]
|
||||
|
||||
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 41827.12 sekund
|
||||
|
||||
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
|
||||
Kwantowy SVM: 0.6047
|
||||
|
||||
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
|
||||
Data i czas zakończenia: 2025-09-10 22:58:17
|
||||
Całkowity czas eksperymentu: 1757537897.67 sekund
|
||||
Loading…
Reference in New Issue