administrator
/
Genomic_data_QSVM
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Packages Projects Releases Wiki Activity

Upload files to "wyniki/eksperymenty poboczne"

This commit is contained in:
Michał Kasprowicz 2025-08-23 08:23:38 +00:00
parent 1deed8c87e
commit 7b490ece09
4 changed files with 232 additions and 0 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

219
wyniki/eksperymenty poboczne/wyniki_eksperymentow_Primary_Diagnosis.txt Normal file
View File

@ -0,0 +1,219 @@
======= INFORMACJE O ŚRODOWISKU =======
Data i czas rozpoczęcia: 2025-08-20 15:33:20
Wersja NumPy: 1.24.3
Wersja Pandas: 2.0.3
Wersja scikit-learn: 1.3.0
Wersja Qiskit: 0.25.1
Wersja qiskit-machine-learning: 0.6.0
Wersja dimod: 0.12.20
Wersja neal: 0.6.0
======= WYBRANE EKSPERYMENTY =======
Eksperyment 1 (Wpływ złożoności danych): TAK
Eksperyment 2 (Podzbiory genów): TAK
Eksperyment 3 (Mapowania cech): TAK
======= WCZYTYWANIE DANYCH =======
Czas wczytywania danych: 0.01 sekund
Wymiary danych: (858, 27)
======= STRUKTURA DANYCH =======
Kolumny w zbiorze danych: ['Grade', 'Project', 'Case_ID', 'Gender', 'Age_at_diagnosis']...
Typy danych w kolumnach:
Grade object
Project object
Case_ID object
Gender object
Age_at_diagnosis object
dtype: object
Przykładowe dane:
Grade Project Case_ID Gender ... GRIN2A IDH2 FAT4 PDGFRA
0 LGG TCGA-LGG TCGA-DU-8164 Male ... NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED
1 LGG TCGA-LGG TCGA-QH-A6CY Male ... NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED
[2 rows x 27 columns]
Unikalne wartości w kolumnie 'Primary_Diagnosis': ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Liczba próbek dla każdej klasy:
Primary_Diagnosis
Glioblastoma 360
Astrocytoma, anaplastic 129
Mixed glioma 128
Oligodendroglioma, NOS 108
Oligodendroglioma, anaplastic 75
Astrocytoma, NOS 58
Name: count, dtype: int64
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH DO EKSPERYMENTÓW =======
Przykładowe wartości w kolumnach genów: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED' 'NOT_MUTATED' 'NOT_MUTATED' 'NOT_MUTATED']
Wybrana zmienna docelowa: Primary_Diagnosis
Unikalne wartości w kolumnie 'Primary_Diagnosis': ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
Liczba próbek dla każdej klasy:
Primary_Diagnosis
Glioblastoma 360
Astrocytoma, anaplastic 129
Mixed glioma 128
Oligodendroglioma, NOS 108
Oligodendroglioma, anaplastic 75
Astrocytoma, NOS 58
Name: count, dtype: int64
Średnia liczba mutacji na przypadek: 2.29
Mediana liczby mutacji: 2.00
Min/Max liczby mutacji: 0/17
======= EKSPERYMENT 1: WPŁYW ZŁOŻONOŚCI DANYCH =======
Poziomy złożoności danych:
Low Complexity: 250 przypadków
Średnia liczba mutacji: 0.72
Medium Complexity: 230 przypadków
Średnia liczba mutacji: 2.00
High Complexity: 378 przypadków
Średnia liczba mutacji: 3.50
Testowanie poziomu złożoności: Low Complexity
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
Testowanie mapy cech: Amplitude_l2_C1
Dokładność: 0.7600
Testowanie mapy cech: Amplitude_l1_C1
Dokładność: 0.7600
Testowanie mapy cech: Amplitude_min-max_C1
Dokładność: 0.7600
Linear SVM: 0.7600
RBF SVM: 0.7600
Best Quantum SVM: 0.7600 (Amplitude_l2_C1)
Testowanie poziomu złożoności: Medium Complexity
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
Testowanie mapy cech: Amplitude_l2_C1
Dokładność: 0.6232
Testowanie mapy cech: Amplitude_l1_C1
Dokładność: 0.6232
Testowanie mapy cech: Amplitude_min-max_C1
Dokładność: 0.6232
Linear SVM: 0.5797
RBF SVM: 0.5942
Best Quantum SVM: 0.6232 (Amplitude_l2_C1)
Testowanie poziomu złożoności: High Complexity
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
Testowanie mapy cech: Amplitude_l2_C1
Dokładność: 0.3333
Testowanie mapy cech: Amplitude_l1_C1
Dokładność: 0.3333
Testowanie mapy cech: Amplitude_min-max_C1
Dokładność: 0.3333
Linear SVM: 0.3509
RBF SVM: 0.3421
Best Quantum SVM: 0.3333 (Amplitude_l2_C1)
Czas wykonania eksperymentu złożoności: 32054.69 sekund
Wyniki zapisane do pliku: wyniki/eksperymenty_poboczne-1/wyniki_eksperymentu_zlozonosc.csv
======= EKSPERYMENT 2: PODZBIORY GENÓW =======
Liczba genów w każdym podzbiorze:
Wszystkie geny: 20 genów (dostępne: 20, brakujące: 0)
Geny często mutowane: 4 genów (dostępne: 4, brakujące: 0)
Geny średnio mutowane: 7 genów (dostępne: 7, brakujące: 0)
Geny rzadko mutowane: 8 genów (dostępne: 8, brakujące: 0)
Testing gene subset: Wszystkie geny (n=all)
Testing ZZ1, C=10.0
Accuracy: 0.5388
Testing ZZ2, C=0.1
Accuracy: 0.4690
Testing Pauli1, C=10.0
Accuracy: 0.5349
Linear SVM: 0.5426
RBF SVM: 0.5349
Best Quantum SVM: 0.5388 (ZZ1_C10)
Testing gene subset: Geny często mutowane (n=4)
Testing ZZ1, C=10.0
Accuracy: 0.5426
Testing ZZ2, C=0.1
Accuracy: 0.5426
Testing Pauli1, C=10.0
Accuracy: 0.5194
Linear SVM: 0.5426
RBF SVM: 0.5543
Best Quantum SVM: 0.5426 (ZZ1_C10)
Testing gene subset: Geny średnio mutowane (n=7)
Testing ZZ1, C=10.0
Accuracy: 0.4341
Testing ZZ2, C=0.1
Accuracy: 0.4612
Testing Pauli1, C=10.0
Accuracy: 0.3992
Linear SVM: 0.4651
RBF SVM: 0.4690
Best Quantum SVM: 0.4612 (ZZ2_C01)
Testing gene subset: Geny rzadko mutowane (n=8)
Testing ZZ1, C=10.0
Accuracy: 0.4264
Testing ZZ2, C=0.1
Accuracy: 0.4225
Testing Pauli1, C=10.0
Accuracy: 0.4264
Linear SVM: 0.4225
RBF SVM: 0.4341
Best Quantum SVM: 0.4264 (ZZ1_C10)
Czas wykonania eksperymentu podzbiorów genów: 96842.45 sekund
Wyniki zapisane do pliku: wyniki/eksperymenty_poboczne-1/wyniki_eksperymentu_geny.csv
======= EKSPERYMENT 3: MAPOWANIA CECH =======
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
Dokładność klasycznego SVM (RBF): 0.5504
Testowanie mapowania: Amplitude_l2_C1
Dokładność: 0.5349
Właściwości macierzy jądra: śr=0.069, std=0.250, min=-0.000, max=1.002
Testowanie mapowania: Amplitude_l1_C1
Dokładność: 0.5426
Właściwości macierzy jądra: śr=0.043, std=0.197, min=-0.000, max=1.002
Testowanie mapowania: Amplitude_min-max_C1
Dokładność: 0.5388
Właściwości macierzy jądra: śr=0.061, std=0.236, min=-0.000, max=1.003
Najlepsze mapowanie kwantowe: Amplitude_l1_C1 (dokładność: 0.5426)
Różnica względem klasycznego SVM: -0.0078
Czas wykonania eksperymentu mapowania cech: 93077.23 sekund
Wyniki zapisane do pliku: wyniki/eksperymenty_poboczne-1/wyniki_eksperymentu_mapowania.csv
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTÓW =======
Całkowity czas wykonania eksperymentów: 221974.37 sekund (3699.57 minut)
Wyniki eksperymentu złożoności danych:
linear_svm rbf_svm ... Amplitude_l1_C1 Amplitude_min-max_C1
Low Complexity 0.76 0.76 ... 0.76 0.76
Medium Complexity 0.57971 0.594203 ... 0.623188 0.623188
High Complexity 0.350877 0.342105 ... 0.333333 0.333333
[3 rows x 7 columns]
Wyniki eksperymentu podzbiorów genów:
linear_svm rbf_svm ... Pauli1_C10 sample_size
Wszystkie geny 0.542636 0.534884 ... 0.534884 20
Geny często mutowane 0.542636 0.554264 ... 0.51938 4
Geny średnio mutowane 0.465116 0.468992 ... 0.399225 7
Geny rzadko mutowane 0.422481 0.434109 ... 0.426357 8
[4 rows x 8 columns]
Wyniki eksperymentu mapowania cech:
accuracy
Amplitude_l2_C1 0.534884
Amplitude_l1_C1 0.542636
Amplitude_min-max_C1 0.538760
Wszystkie wyniki zostały zapisane w katalogu: wyniki/eksperymenty_poboczne-1

5
wyniki/eksperymenty poboczne/wyniki_eksperymentu_geny.csv Normal file
View File

@ -0,0 +1,5 @@
,linear_svm,rbf_svm,best_quantum_svm,best_quantum_model,ZZ1_C10,ZZ2_C01,Pauli1_C10,sample_size
Wszystkie geny,0.5426356589147286,0.5348837209302325,0.5387596899224806,ZZ1_C10,0.5387596899224806,0.4689922480620155,0.5348837209302325,20
Geny często mutowane,0.5426356589147286,0.5542635658914729,0.5426356589147286,ZZ1_C10,0.5426356589147286,0.5426356589147286,0.5193798449612403,4
Geny średnio mutowane,0.46511627906976744,0.4689922480620155,0.46124031007751937,ZZ2_C01,0.43410852713178294,0.46124031007751937,0.3992248062015504,7
Geny rzadko mutowane,0.42248062015503873,0.43410852713178294,0.4263565891472868,ZZ1_C10,0.4263565891472868,0.42248062015503873,0.4263565891472868,8
1 linear_svm rbf_svm best_quantum_svm best_quantum_model ZZ1_C10 ZZ2_C01 Pauli1_C10 sample_size
2 Wszystkie geny 0.5426356589147286 0.5348837209302325 0.5387596899224806 ZZ1_C10 0.5387596899224806 0.4689922480620155 0.5348837209302325 20
3 Geny często mutowane 0.5426356589147286 0.5542635658914729 0.5426356589147286 ZZ1_C10 0.5426356589147286 0.5426356589147286 0.5193798449612403 4
4 Geny średnio mutowane 0.46511627906976744 0.4689922480620155 0.46124031007751937 ZZ2_C01 0.43410852713178294 0.46124031007751937 0.3992248062015504 7
5 Geny rzadko mutowane 0.42248062015503873 0.43410852713178294 0.4263565891472868 ZZ1_C10 0.4263565891472868 0.42248062015503873 0.4263565891472868 8

4
wyniki/eksperymenty poboczne/wyniki_eksperymentu_mapowania.csv Normal file
View File

@ -0,0 +1,4 @@
,accuracy,mean_kernel,std_kernel
Amplitude_l2_C1,0.5348837209302325,0.06903046962036236,0.24988691070102692
Amplitude_l1_C1,0.5426356589147286,0.0426468753142274,0.1974520246297968
Amplitude_min-max_C1,0.5387596899224806,0.061154688310706196,0.23551378196166742
1 accuracy mean_kernel std_kernel
2 Amplitude_l2_C1 0.5348837209302325 0.06903046962036236 0.24988691070102692
3 Amplitude_l1_C1 0.5426356589147286 0.0426468753142274 0.1974520246297968
4 Amplitude_min-max_C1 0.5387596899224806 0.061154688310706196 0.23551378196166742

4
wyniki/eksperymenty poboczne/wyniki_eksperymentu_zlozonosc.csv Normal file
View File

@ -0,0 +1,4 @@
,linear_svm,rbf_svm,best_quantum_svm,best_quantum_model,Amplitude_l2_C1,Amplitude_l1_C1,Amplitude_min-max_C1
Low Complexity,0.76,0.76,0.76,Amplitude_l2_C1,0.76,0.76,0.76
Medium Complexity,0.5797101449275363,0.5942028985507246,0.6231884057971014,Amplitude_l2_C1,0.6231884057971014,0.6231884057971014,0.6231884057971014
High Complexity,0.3508771929824561,0.34210526315789475,0.3333333333333333,Amplitude_l2_C1,0.3333333333333333,0.3333333333333333,0.3333333333333333
1 linear_svm rbf_svm best_quantum_svm best_quantum_model Amplitude_l2_C1 Amplitude_l1_C1 Amplitude_min-max_C1
2 Low Complexity 0.76 0.76 0.76 Amplitude_l2_C1 0.76 0.76 0.76
3 Medium Complexity 0.5797101449275363 0.5942028985507246 0.6231884057971014 Amplitude_l2_C1 0.6231884057971014 0.6231884057971014 0.6231884057971014
4 High Complexity 0.3508771929824561 0.34210526315789475 0.3333333333333333 Amplitude_l2_C1 0.3333333333333333 0.3333333333333333 0.3333333333333333