220 lines
7.5 KiB
Plaintext
220 lines
7.5 KiB
Plaintext
======= INFORMACJE O ŚRODOWISKU =======
|
|
Data i czas rozpoczęcia: 2025-08-20 15:33:20
|
|
Wersja NumPy: 1.24.3
|
|
Wersja Pandas: 2.0.3
|
|
Wersja scikit-learn: 1.3.0
|
|
Wersja Qiskit: 0.25.1
|
|
Wersja qiskit-machine-learning: 0.6.0
|
|
Wersja dimod: 0.12.20
|
|
Wersja neal: 0.6.0
|
|
|
|
======= WYBRANE EKSPERYMENTY =======
|
|
Eksperyment 1 (Wpływ złożoności danych): TAK
|
|
Eksperyment 2 (Podzbiory genów): TAK
|
|
Eksperyment 3 (Mapowania cech): TAK
|
|
|
|
======= WCZYTYWANIE DANYCH =======
|
|
Czas wczytywania danych: 0.01 sekund
|
|
Wymiary danych: (858, 27)
|
|
|
|
======= STRUKTURA DANYCH =======
|
|
Kolumny w zbiorze danych: ['Grade', 'Project', 'Case_ID', 'Gender', 'Age_at_diagnosis']...
|
|
Typy danych w kolumnach:
|
|
Grade object
|
|
Project object
|
|
Case_ID object
|
|
Gender object
|
|
Age_at_diagnosis object
|
|
dtype: object
|
|
Przykładowe dane:
|
|
Grade Project Case_ID Gender ... GRIN2A IDH2 FAT4 PDGFRA
|
|
0 LGG TCGA-LGG TCGA-DU-8164 Male ... NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED
|
|
1 LGG TCGA-LGG TCGA-QH-A6CY Male ... NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED NOT_MUTATED
|
|
|
|
[2 rows x 27 columns]
|
|
|
|
Unikalne wartości w kolumnie 'Primary_Diagnosis': ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
|
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
|
Liczba próbek dla każdej klasy:
|
|
Primary_Diagnosis
|
|
Glioblastoma 360
|
|
Astrocytoma, anaplastic 129
|
|
Mixed glioma 128
|
|
Oligodendroglioma, NOS 108
|
|
Oligodendroglioma, anaplastic 75
|
|
Astrocytoma, NOS 58
|
|
Name: count, dtype: int64
|
|
|
|
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH DO EKSPERYMENTÓW =======
|
|
Przykładowe wartości w kolumnach genów: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED' 'NOT_MUTATED' 'NOT_MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
|
|
|
Wybrana zmienna docelowa: Primary_Diagnosis
|
|
Unikalne wartości w kolumnie 'Primary_Diagnosis': ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
|
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
|
Liczba próbek dla każdej klasy:
|
|
Primary_Diagnosis
|
|
Glioblastoma 360
|
|
Astrocytoma, anaplastic 129
|
|
Mixed glioma 128
|
|
Oligodendroglioma, NOS 108
|
|
Oligodendroglioma, anaplastic 75
|
|
Astrocytoma, NOS 58
|
|
Name: count, dtype: int64
|
|
Średnia liczba mutacji na przypadek: 2.29
|
|
Mediana liczby mutacji: 2.00
|
|
Min/Max liczby mutacji: 0/17
|
|
|
|
======= EKSPERYMENT 1: WPŁYW ZŁOŻONOŚCI DANYCH =======
|
|
|
|
Poziomy złożoności danych:
|
|
Low Complexity: 250 przypadków
|
|
Średnia liczba mutacji: 0.72
|
|
Medium Complexity: 230 przypadków
|
|
Średnia liczba mutacji: 2.00
|
|
High Complexity: 378 przypadków
|
|
Średnia liczba mutacji: 3.50
|
|
|
|
Testowanie poziomu złożoności: Low Complexity
|
|
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_l2_C1
|
|
Dokładność: 0.7600
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_l1_C1
|
|
Dokładność: 0.7600
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_min-max_C1
|
|
Dokładność: 0.7600
|
|
Linear SVM: 0.7600
|
|
RBF SVM: 0.7600
|
|
Best Quantum SVM: 0.7600 (Amplitude_l2_C1)
|
|
|
|
Testowanie poziomu złożoności: Medium Complexity
|
|
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_l2_C1
|
|
Dokładność: 0.6232
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_l1_C1
|
|
Dokładność: 0.6232
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_min-max_C1
|
|
Dokładność: 0.6232
|
|
Linear SVM: 0.5797
|
|
RBF SVM: 0.5942
|
|
Best Quantum SVM: 0.6232 (Amplitude_l2_C1)
|
|
|
|
Testowanie poziomu złożoności: High Complexity
|
|
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_l2_C1
|
|
Dokładność: 0.3333
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_l1_C1
|
|
Dokładność: 0.3333
|
|
Testowanie mapy cech: Amplitude_min-max_C1
|
|
Dokładność: 0.3333
|
|
Linear SVM: 0.3509
|
|
RBF SVM: 0.3421
|
|
Best Quantum SVM: 0.3333 (Amplitude_l2_C1)
|
|
|
|
Czas wykonania eksperymentu złożoności: 32054.69 sekund
|
|
Wyniki zapisane do pliku: wyniki/eksperymenty_poboczne-1/wyniki_eksperymentu_zlozonosc.csv
|
|
|
|
======= EKSPERYMENT 2: PODZBIORY GENÓW =======
|
|
|
|
Liczba genów w każdym podzbiorze:
|
|
Wszystkie geny: 20 genów (dostępne: 20, brakujące: 0)
|
|
Geny często mutowane: 4 genów (dostępne: 4, brakujące: 0)
|
|
Geny średnio mutowane: 7 genów (dostępne: 7, brakujące: 0)
|
|
Geny rzadko mutowane: 8 genów (dostępne: 8, brakujące: 0)
|
|
|
|
Testing gene subset: Wszystkie geny (n=all)
|
|
Testing ZZ1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.5388
|
|
Testing ZZ2, C=0.1
|
|
Accuracy: 0.4690
|
|
Testing Pauli1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.5349
|
|
Linear SVM: 0.5426
|
|
RBF SVM: 0.5349
|
|
Best Quantum SVM: 0.5388 (ZZ1_C10)
|
|
|
|
Testing gene subset: Geny często mutowane (n=4)
|
|
Testing ZZ1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.5426
|
|
Testing ZZ2, C=0.1
|
|
Accuracy: 0.5426
|
|
Testing Pauli1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.5194
|
|
Linear SVM: 0.5426
|
|
RBF SVM: 0.5543
|
|
Best Quantum SVM: 0.5426 (ZZ1_C10)
|
|
|
|
Testing gene subset: Geny średnio mutowane (n=7)
|
|
Testing ZZ1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.4341
|
|
Testing ZZ2, C=0.1
|
|
Accuracy: 0.4612
|
|
Testing Pauli1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.3992
|
|
Linear SVM: 0.4651
|
|
RBF SVM: 0.4690
|
|
Best Quantum SVM: 0.4612 (ZZ2_C01)
|
|
|
|
Testing gene subset: Geny rzadko mutowane (n=8)
|
|
Testing ZZ1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.4264
|
|
Testing ZZ2, C=0.1
|
|
Accuracy: 0.4225
|
|
Testing Pauli1, C=10.0
|
|
Accuracy: 0.4264
|
|
Linear SVM: 0.4225
|
|
RBF SVM: 0.4341
|
|
Best Quantum SVM: 0.4264 (ZZ1_C10)
|
|
|
|
Czas wykonania eksperymentu podzbiorów genów: 96842.45 sekund
|
|
Wyniki zapisane do pliku: wyniki/eksperymenty_poboczne-1/wyniki_eksperymentu_geny.csv
|
|
|
|
======= EKSPERYMENT 3: MAPOWANIA CECH =======
|
|
Aktywne mapy cech: ['Amplitude_l2_C1', 'Amplitude_l1_C1', 'Amplitude_min-max_C1']
|
|
Dokładność klasycznego SVM (RBF): 0.5504
|
|
|
|
Testowanie mapowania: Amplitude_l2_C1
|
|
Dokładność: 0.5349
|
|
Właściwości macierzy jądra: śr=0.069, std=0.250, min=-0.000, max=1.002
|
|
|
|
Testowanie mapowania: Amplitude_l1_C1
|
|
Dokładność: 0.5426
|
|
Właściwości macierzy jądra: śr=0.043, std=0.197, min=-0.000, max=1.002
|
|
|
|
Testowanie mapowania: Amplitude_min-max_C1
|
|
Dokładność: 0.5388
|
|
Właściwości macierzy jądra: śr=0.061, std=0.236, min=-0.000, max=1.003
|
|
|
|
Najlepsze mapowanie kwantowe: Amplitude_l1_C1 (dokładność: 0.5426)
|
|
Różnica względem klasycznego SVM: -0.0078
|
|
|
|
Czas wykonania eksperymentu mapowania cech: 93077.23 sekund
|
|
Wyniki zapisane do pliku: wyniki/eksperymenty_poboczne-1/wyniki_eksperymentu_mapowania.csv
|
|
|
|
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTÓW =======
|
|
Całkowity czas wykonania eksperymentów: 221974.37 sekund (3699.57 minut)
|
|
|
|
Wyniki eksperymentu złożoności danych:
|
|
linear_svm rbf_svm ... Amplitude_l1_C1 Amplitude_min-max_C1
|
|
Low Complexity 0.76 0.76 ... 0.76 0.76
|
|
Medium Complexity 0.57971 0.594203 ... 0.623188 0.623188
|
|
High Complexity 0.350877 0.342105 ... 0.333333 0.333333
|
|
|
|
[3 rows x 7 columns]
|
|
|
|
Wyniki eksperymentu podzbiorów genów:
|
|
linear_svm rbf_svm ... Pauli1_C10 sample_size
|
|
Wszystkie geny 0.542636 0.534884 ... 0.534884 20
|
|
Geny często mutowane 0.542636 0.554264 ... 0.51938 4
|
|
Geny średnio mutowane 0.465116 0.468992 ... 0.399225 7
|
|
Geny rzadko mutowane 0.422481 0.434109 ... 0.426357 8
|
|
|
|
[4 rows x 8 columns]
|
|
|
|
Wyniki eksperymentu mapowania cech:
|
|
accuracy
|
|
Amplitude_l2_C1 0.534884
|
|
Amplitude_l1_C1 0.542636
|
|
Amplitude_min-max_C1 0.538760
|
|
|
|
Wszystkie wyniki zostały zapisane w katalogu: wyniki/eksperymenty_poboczne-1
|