Upload files to "wyniki/eksperyment_glowny/2"
This commit is contained in:
parent
55aec56b78
commit
4b177d1830
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
|
||||||
|
Wymiary oryginalnych danych: (1716, 27)
|
||||||
|
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||||
|
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||||
|
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 698, 'Mixed glioma': 256, 'Astrocytoma, anaplastic': 253, 'Oligodendroglioma, NOS': 220, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 165, 'Astrocytoma, NOS': 124}
|
||||||
|
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (1716, 24)
|
||||||
|
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
|
||||||
|
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
|
||||||
|
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
|
||||||
|
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||||
|
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||||
|
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
|
||||||
|
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
|
||||||
|
'american indian or alaska native']
|
||||||
|
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
|
||||||
|
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Wymiary danych po przekształceniu: (1716, 31)
|
||||||
|
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
|
||||||
|
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
|
||||||
|
Wypełnianie brakujących wartości...
|
||||||
|
Wymiary danych wejściowych: (1716, 31)
|
||||||
|
Wymiary danych po skalowaniu: (1716, 31)
|
||||||
|
|
||||||
|
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
|
||||||
|
Liczba komponentów PCA: 12
|
||||||
|
Wymiary danych po redukcji PCA: (1716, 12)
|
||||||
|
Wyjaśniona wariancja: 0.5618
|
||||||
|
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
|
||||||
|
Wymiary zbioru treningowego: (1201, 12)
|
||||||
|
Wymiary zbioru testowego: (515, 12)
|
||||||
|
|
||||||
|
Czas przygotowania danych: 0.04 sekund
|
||||||
|
|
||||||
|
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
|
||||||
|
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
|
||||||
|
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
|
||||||
|
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
|
||||||
|
|
||||||
|
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
|
||||||
|
|
||||||
|
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||||
|
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.6078 (czas: 24776.42 s)
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.6261 (czas: 24687.07 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4521 (czas: 32902.60 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.6552 (czas: 33563.46 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=10.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.6694 (czas: 33010.31 s)
|
||||||
|
|
||||||
|
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.6694
|
||||||
|
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
|
||||||
|
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
|
||||||
|
precision recall f1-score support
|
||||||
|
|
||||||
|
Astrocytoma, NOS 0.92 0.26 0.40 43
|
||||||
|
Astrocytoma, anaplastic 0.75 0.53 0.62 78
|
||||||
|
Glioblastoma 0.57 0.97 0.72 200
|
||||||
|
Mixed glioma 0.79 0.54 0.64 78
|
||||||
|
Oligodendroglioma, NOS 0.77 0.43 0.55 63
|
||||||
|
Oligodendroglioma, anaplastic 0.89 0.30 0.45 53
|
||||||
|
|
||||||
|
accuracy 0.64 515
|
||||||
|
macro avg 0.78 0.50 0.56 515
|
||||||
|
weighted avg 0.72 0.64 0.62 515
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
|
||||||
|
Accuracy: 0.6427
|
||||||
|
Precision: 0.7156
|
||||||
|
Recall: 0.6427
|
||||||
|
F1 Score: 0.6157
|
||||||
|
ROC AUC: N/A
|
||||||
|
|
||||||
|
Macierz pomyłek:
|
||||||
|
[[ 11 0 30 0 2 0]
|
||||||
|
[ 0 41 33 3 0 1]
|
||||||
|
[ 0 3 194 1 2 0]
|
||||||
|
[ 0 7 28 42 0 1]
|
||||||
|
[ 1 0 34 1 27 0]
|
||||||
|
[ 0 4 23 6 4 16]]
|
||||||
|
|
||||||
|
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 158727.80 sekund
|
||||||
|
|
||||||
|
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
|
||||||
|
Kwantowy SVM: 0.6427
|
||||||
|
|
||||||
|
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
|
||||||
|
Data i czas zakończenia: 2025-09-08 03:27:06
|
||||||
|
Całkowity czas eksperymentu: 1757294826.28 sekund
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,10 @@
|
||||||
|
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||||
|
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.6078 (czas: 24776.42 s)
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.6261 (czas: 24687.07 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.4521 (czas: 32902.60 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
======= PRZYGOTOWANIE DANYCH =======
|
||||||
|
Wymiary oryginalnych danych: (858, 27)
|
||||||
|
Unikalne wartości zmiennej docelowej: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||||
|
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||||
|
Rozkład klas: {'Glioblastoma': 311, 'Astrocytoma, anaplastic': 143, 'Mixed glioma': 133, 'Oligodendroglioma, NOS': 118, 'Oligodendroglioma, anaplastic': 84, 'Astrocytoma, NOS': 69}
|
||||||
|
Wymiary danych po usunięciu kolumn identyfikacyjnych: (858, 24)
|
||||||
|
Przekształcanie kolumn kategorycznych na binarne...
|
||||||
|
Kolumny kategoryczne do przekształcenia: ['Gender', 'Primary_Diagnosis', 'Race', 'IDH1', 'TP53', 'ATRX', 'PTEN', 'EGFR', 'CIC', 'MUC16', 'PIK3CA', 'NF1', 'PIK3R1', 'FUBP1', 'RB1', 'NOTCH1', 'BCOR', 'CSMD3', 'SMARCA4', 'GRIN2A', 'IDH2', 'FAT4', 'PDGFRA']
|
||||||
|
Kolumna Gender zawiera wartości: ['Male' 'Female']
|
||||||
|
Kolumna Primary_Diagnosis zawiera wartości: ['Oligodendroglioma, NOS' 'Mixed glioma' 'Astrocytoma, NOS'
|
||||||
|
'Astrocytoma, anaplastic' 'Oligodendroglioma, anaplastic' 'Glioblastoma']
|
||||||
|
Kolumna Primary_Diagnosis zostanie zakodowana jako one-hot (6 kategorii).
|
||||||
|
Kolumna Race zawiera wartości: ['white' 'asian' 'black or african american' 'not reported'
|
||||||
|
'american indian or alaska native']
|
||||||
|
Kolumna Race zostanie zakodowana jako one-hot (5 kategorii).
|
||||||
|
Kolumna IDH1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna TP53 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna ATRX zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PTEN zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna EGFR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna CIC zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna MUC16 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PIK3CA zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna NF1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PIK3R1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna FUBP1 zawiera wartości: ['MUTATED' 'NOT_MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna RB1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna NOTCH1 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna BCOR zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna CSMD3 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna SMARCA4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna GRIN2A zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna IDH2 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna FAT4 zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Kolumna PDGFRA zawiera wartości: ['NOT_MUTATED' 'MUTATED']
|
||||||
|
Wymiary danych po przekształceniu: (858, 31)
|
||||||
|
UWAGA: Zbyt wiele wymiarów (31)! Maksymalnie 27.
|
||||||
|
Rozważ zwiększenie PCA_COMPONENTS lub ograniczenie one-hot encoding.
|
||||||
|
Wypełnianie brakujących wartości...
|
||||||
|
Wymiary danych wejściowych: (858, 31)
|
||||||
|
Wymiary danych po skalowaniu: (858, 31)
|
||||||
|
|
||||||
|
======= REDUKCJA WYMIAROWOŚCI =======
|
||||||
|
Liczba komponentów PCA: 12
|
||||||
|
Wymiary danych po redukcji PCA: (858, 12)
|
||||||
|
Wyjaśniona wariancja: 0.5355
|
||||||
|
Używanie danych zredukowanych przez PCA jako domyślnych.
|
||||||
|
Wymiary zbioru treningowego: (600, 12)
|
||||||
|
Wymiary zbioru testowego: (258, 12)
|
||||||
|
|
||||||
|
Czas przygotowania danych: 0.03 sekund
|
||||||
|
|
||||||
|
======= INICJALIZACJA LOKALNEGO SYMULATORA =======
|
||||||
|
IBM Quantum Cloud wyłączone - używanie lokalnego symulatora
|
||||||
|
✓ Zainicjalizowano lokalny symulator Qiskit Aer
|
||||||
|
✓ Backend: <bound method BackendV1.name of QasmSimulator('qasm_simulator')>
|
||||||
|
|
||||||
|
======= KLASYCZNY SVM (BASELINE) - POMINIĘTY =======
|
||||||
|
|
||||||
|
======= KWANTOWY SVM Z Z1 i Z2 FEATURE MAPS =======
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=0.1...
|
||||||
|
Błąd dla Z1, C=0.1: Funkcja run_single_with_timeout przekroczyła limit 3600s
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=1.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=1.0: 0.3750 (czas: 6119.20 s)
|
||||||
|
Testowanie Z1 z C=10.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z1, C=10.0: 0.3817 (czas: 6122.11 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=0.1...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=0.1: 0.3650 (czas: 8197.57 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=1.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=1.0: 0.3950 (czas: 8170.61 s)
|
||||||
|
Testowanie Z2 z C=10.0...
|
||||||
|
Dokładność kwantowego SVM z Z2, C=10.0: 0.4200 (czas: 8177.14 s)
|
||||||
|
|
||||||
|
Najlepszy kwantowy SVM: Z2 z C=10.0, dokładność: 0.4200
|
||||||
|
Ewaluacja najlepszego modelu z Z2...
|
||||||
|
Raport klasyfikacji (najlepszy kwantowy SVM z Z2):
|
||||||
|
precision recall f1-score support
|
||||||
|
|
||||||
|
Astrocytoma, NOS 0.50 0.04 0.07 25
|
||||||
|
Astrocytoma, anaplastic 0.64 0.29 0.40 48
|
||||||
|
Glioblastoma 0.42 0.92 0.57 92
|
||||||
|
Mixed glioma 0.53 0.25 0.34 36
|
||||||
|
Oligodendroglioma, NOS 0.00 0.00 0.00 32
|
||||||
|
Oligodendroglioma, anaplastic 0.50 0.08 0.14 25
|
||||||
|
|
||||||
|
accuracy 0.43 258
|
||||||
|
macro avg 0.43 0.26 0.25 258
|
||||||
|
weighted avg 0.44 0.43 0.35 258
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Szczegółowe metryki dla modelu Kwantowy SVM z Z2:
|
||||||
|
Accuracy: 0.4302
|
||||||
|
Precision: 0.4377
|
||||||
|
Recall: 0.4302
|
||||||
|
F1 Score: 0.3471
|
||||||
|
ROC AUC: N/A
|
||||||
|
|
||||||
|
Macierz pomyłek:
|
||||||
|
[[ 1 2 18 3 0 1]
|
||||||
|
[ 0 14 33 0 1 0]
|
||||||
|
[ 0 2 85 0 4 1]
|
||||||
|
[ 0 2 22 9 3 0]
|
||||||
|
[ 1 2 24 5 0 0]
|
||||||
|
[ 0 0 22 0 1 2]]
|
||||||
|
|
||||||
|
Całkowity czas dla kwantowego SVM: 41936.83 sekund
|
||||||
|
|
||||||
|
======= PORÓWNANIE WYNIKÓW =======
|
||||||
|
Kwantowy SVM: 0.4302
|
||||||
|
|
||||||
|
======= PODSUMOWANIE EKSPERYMENTU Z1/Z2 =======
|
||||||
|
Data i czas zakończenia: 2025-09-11 22:29:31
|
||||||
|
Całkowity czas eksperymentu: 1757622571.61 sekund
|
||||||
Loading…
Reference in New Issue